清军人关，定鼎北京。要完成统一中国，首要战略还是消灭李自成的大顺国，为此全力以赴;李自成军却屡战屡败，一蹶不振，直至崩溃。放弃北京，逃进西安李自成在山海关惨败。顺治元年(1644)四月二十六日逃回北京。早在出征前，李自成和主要将领们就有返回西安的打算，此次战败更使他们下定了决心。
同月二十八日，李自成命刘宗敏、李岩等部在北京城郊阻击追军，又遭惨败。二十九日，他草草登基做皇帝，随后准备撤出北京，临行时还在城里放了一把大火，更是失去民心。翌日清晨，也就是闯王进京的第四十一天，大顺军离开北京城，正是来也匆匆，去也匆匆，在北京当了一天皇帝，就走了。多尔衮命吴三桂和英亲王阿济格、豫亲王多铎等部尾追，李自成军人数远远超出追军，但却一败于庆都，二败于定州，三败于真定，正是连战连败，但也暂时摆脱追击，经获鹿、井陉，进山西南往西安去了。放弃西安，再走武昌五个月后，清军经休整后兵分两路：一路是吴三桂、阿济格等西进;一路是多铎南下。
吴三桂、阿济格等进入山西，沿途州县大顺军纷纷投降，在陕北赶走李过、高一功军，先后占榆林、延安，即南下进攻西安;多铎军在河南怀庆(沁阳)击溃李自成的反攻部队，又在潼关四战四捷，把李自成、刘宗敏亲率的主力打得大败。李自成在返回西安后，自知西安难保，在多铎军进潼关时，就主动放弃了西安，急忙东南走蓝田、紫荆关，经河南南走，临行时，令田见秀断后烧毁粮仓，田见秀没有执行，就跟随走了。两路清军会师于西安。
清军占领西安后，多尔衮命多铎照原计划对南明福王政权展开大进攻，由吴三桂、阿济格继续尾追李自成。李自成军不敢回击，急于南下襄阳，进驻武昌。兵败如山倒李自成在武昌驻留了五十天，他改武昌府为祥符县，这时他的丞相牛金星已脱离了大军，李岩已遭冤杀，将士多批散失、逃亡或降敌。在武昌，李自成又曾组织反击，仍被敌军击溃。从山海关惨败到此，不过十个月光景，他和追军从没有打过一次好仗，几十万人的大顺军常常被少于他十倍、百倍的追军打垮，正是兵败如山倒。
清军夺得武昌后，继续紧追，在兴国(湖北阳新)东的富池口，再次大败李自成军，几天后又在富池口东几十里，全歼李自成军主力，刘宗敏被俘杀，宋献策投降。李自成率残部西走，他本人在探路时，于通山九宫山为民团杀害，但也有说他是逃到离富池口千里外的湖南石门，躲进夹山寺做了和尚。
野史多有将农民领袖写成失败后出家为僧的，如黄巢、李顺、芝麻李，包括稍后几十年的山东栖霞于七。但不管如何说法，此后不再见有李自成此人的名字和事迹了。李自成散落两湖的余部还有三四十万人马，一部分如田见秀、张鼐等部投降了大清，其他如李过、高一功等部归依了南明。
吴三桂冲发一怒为红颜确实为李自成的失败打下了致命一击，但是值得留意的是，灭了大明的李自成，其实已经开始腐败了，他焦躁自满，赶走大将李岩夫妇，最终结果可想而知。没有了众多将士的戮力同心，他最终只能走向毁灭。当然，如果从历史发展的角度来看是，传统的农民阶级是敌不过封建大地主阶级的。除非他们能极快地同化。
