在古印第安传说中，一直流传着神秘头骨的存在，在1492年哥伦布抵达美洲之前，印第安人统治着这里，事实上印第安人这种说法是欧洲人的误解，哥伦布以为自己到了印度。
英国冒险家米切尔-黑吉斯在1920年代对英属洪都拉斯丛林进行考察，在与危地马拉接壤的丛林中找到了印第安人的遗址，这里曾经被喻为堕落石头之城，最终被烧毁。
米切尔-黑吉斯带了数十人对祭坛位置进行发掘，发现了水晶头骨，整个过程从定下方案到发现，一共经历了20多年。
如今水晶头骨已经不见踪影，有评论指出，水晶头骨其实并非水晶打造，但使用了由早期印第安人提炼的金属，至于一些关于水晶头骨超自然的力量，也仅限于留言中。
