个人理解更新：
orthofinder 提供了dendroblast或msa的方式去构建基因树，可以使用-M开启
-M msa -A muscle -T iqtree ，默认aligen用MAFFT建树用fastree
使用多序列比对的方式更耗费计算资源但是树更准确
如果在算完dendroblast之后后悔了，又想用多序列比对来建树，那么可以使用作者提供的
-b <dir> Start OrthoFinder from pre-computed BLAST results in <dir>
-fg <dir> Start OrthoFinder from pre-computed orthogroups in <dir>
-ft <dir> Start OrthoFinder from pre-computed gene trees in <dir>
这些参数从你选择的点重新开始
安装 OrthoFinder （可以使用conda install）
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github下载最新的版本: https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases
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In a terminal, '
cd' to where you downloaded the package -
解压文件:
tar xzf OrthoFinder-2.2.7.tar.gz -
安装依赖的其他软件: MCL, FastME and DIAMOND (see below)
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测试OrthoFinder:
OrthoFinder-2.2.7/orthofinder -h. OrthoFinder 会反馈help文档；
运行 OrthoFinder
OrthoFinder-2.2.7/orthofinder -f ExampleDataset -S diamond
输出文件: Orthogroups Directory
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Orthogroups.csv 是制表符格式的文件. 每一行包含了不同同源基因族的基因名称.这些基因排列在以物种为名的列下。
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Orthogroups_UnassignedGenes.csv 是制表符文件同Orthogroups.csv 文件一样的格式，但是包含了没有聚类到任何一个簇的基因。
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Orthogroups.txt (传统格式与orthomcl输出的格式一样) 格式与 Orthogroups.csv 文件一样。
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Orthogroups.GeneCount.csv 制表符文件包含了每个物种下每个同源基因簇中包含的基因数。
同源基因可以呈现1对1，也可以是1对多和多对多依赖于基因复制事件。 (参考 "Orthogroups, Orthologues & Paralogues" 章节). 每个同源基因对应的同源簇都有一个文件包含了这些关联信息。Orthologs目录下包含了子目录中每个物种包含一个文件记载了 每个两两物种间对比的列表，并列出了同源基因。
输出文件: Gene Trees Directory
- 每个同源基因簇推断出的演化树
输出文件: Resolved Gene Trees Directory
- 使用OrthoFinder duplication-loss模型修正的每个同源基因簇的演化树。
输出文件: Species Tree Directory
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Species_Tree_rooted.csv A STAG 物种树 inferred from all orthogroups containing STAG support values at internal nodes and rooted using STRIDE.
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Species_Tree_rooted_node_labels.csv 同上一样的树包含了推断基因复制的数据
输出文件: Comparative Genomics Statistics Directory
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Orthogroups_SpeicesOverlaps.csv 制表符文件，包含了每个物种共有的同源基因簇，以数据矩阵的形式
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SingleCopyOrthogroups.txt 文本文件。只包含了单拷贝同源基因簇的信息
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Statistics_Overall.csv 分隔符文件，包含了同源基因簇大小的统计数据以及基因在同源基因簇中的比例。
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Statistics_PerSpecies.csv 制表符文件，与Statistics_Overall.csv 文件同样记载了这些数据信息，但是每个物种单独统计的。
文件 'Statistics_Overall.csv' 和 'Statistics_PerSpecies.csv' 中的表头很容易看懂,有一些解释如下：
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Species-specific orthogroup: 只包含于一个物种出现的基因簇
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G50: 所有不同大小的基因簇中，当大小达到最大的百分之50大小的基因簇中所包含的基因数目
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O50: 所有不同大小的基因簇中，当大小达到最大的百分之50大小的基因簇中所包含的最小基因数目
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Single-copy orthogroup: 单拷贝基因簇，用来构建物种进化树以及其他分析.
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Unassigned gene: 没有被列入任何同源基因簇的基因.
输出文件: WorkingDirectory
包含了运行过程中的所有信息，可以忽略
Additional Information
添加格外的物种：
OrthoFinder 允许你不需要重新blast计算的情况下添加额外的物种：
orthofinder -b previous_orthofinder_directory -f new_fasta_directory
通过添加新的序列目录 'new_fasta_directory' 到已完成的目录中, 再次使用所有之前的BLAST results, 只再次运行新添加的序列 BLAST searches 然后重新计算同源簇. 'previous_orthofinder_directory' 这个目录是 OrthoFinder 'WorkingDirectory/' 包含了'SpeciesIDs.txt'.
移除已经计算的物种：
OrthoFinder 允许你移除掉之前计算过的物种。 在之前计算的目录 'WorkingDirectory/' 中有个文件 'SpeciesIDs.txt'. 使用 '#' 符号注释掉对应物种的character然后运行OrthoFinder：
orthofinder -b previous_orthofinder_directory
'previous_orthofinder_directory' 目录在 OrthoFinder 'WorkingDirectory/' 下包含了 'SpeciesIDs.txt'.
同时添加删除目录中的物种
上述两种改变物种数目的方式可以合并,使用方法如下:
orthofinder -b previous_orthofinder_directory -f new_fasta_directory
单独运行 BLAST Searches (-op option)
'-op' 选项可以提供 OrthoFinder 需要的选项并打印需要运行的BLAST命令集
orthofinder -f fasta_files_directory -op
当你需要自己控制 BLAST searches 的时候这个命令很有用。比如，你可能需要分散在不同的计算机中计算. 当BLAST 计算完成后可以使用 '-b' 命令来计算同源簇，详细见"Using Pre-Computed BLAST Results"章节.
测试：
test目录下运行 'test_orthofinder.py' 检查软件是否正常运行
git 原版说明地址：https://github.com/davidemms/OrthoFinder
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