理解环境变量的原理，以后在Linux上安装软件才会畅行无阻。
环境变量
用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量
常见环境变量
HOME：当前用户的主目录（大家的家目录）
PATH：shell查找命令的目录列表，由冒号(:)分隔。（PATH有一个规律：路径很多，用冒号:分开）
SHELL：bash shell的全路径名
LOGNAME：当前用户的登录名
PS1：shell命令行界面的主提示符（之前接触过，是用来修改命令行配色）
PS2：shell命令行界面的次提示符
在Linux里，是用echo打印变量。
- **echo **
（1）打印字符串
（2）打印变量的值，变量调用要加 $
几个常见的环境变量的介绍
-
$HOME记录了用户的家目录所在的路径
echo $HOME
#/home/ashu
echo打印位置
PS1命令行配色
$ echo $PS1
\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]
$ echo $PATH
/trainee2/vip28/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
- 修改命令行配色
感兴趣的自行搜索
echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]" ' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
##>> ~/.bashrc，linux系统原来有.bashrc这个文件，把配色PS1追加>>到~/.bashrc，修改配色，把黑白命令行，改成有彩色的。
~/.bashrc：系统配置文件，包含专用于你的 bash shell 的 bash信息、设置，每次登录或打开新的 shell 时，该文件会 被自动读取和执行。如果正确修改了.bashrc，需要source，不想source的话，就是重新登入服务器，~/.bashrc在登录时会被执行
- PATH（最关键的知识点）
PATH保存的信息是命令，可执行文件
$PATH：输入命令时Linux（系统）会去查找PATH里面记录的路径，如果命令存在某一个路径中，就可以成功调用。
<PATH1>:<PATH2>:<PATH3>:------:<PATHN>
打个比方，PATH 是一个工具箱，有很多层（对应很多个路径），每一层放着各式各样的工具（对应各种命令）。（PATH里有的命令才可以被使用，就如工具箱有的工具才能被使用，没有的话就不能使用，）
生信技能树小郭老师的PATH形象例子
$ echo $PATH
##记录很多个路径：路径之间没有空格，用冒号（:）分开
/trainee2/vip28/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin
# 可以把 : 替换成换行符 \n
$ echo $PATH | tr ':' '\n'
/trainee2/vip28/miniconda3/condabin
/usr/local/sbin
/usr/local/bin
/usr/sbin
/usr/bin
/sbin
/bin
/usr/games
/usr/local/games
/snap/bin
##每个路径下保存的是命令
##查看命令保存在哪里，用which
# 比如 ls 命令存在
$ ls
$ which ls
/bin/ls
ls /bin
有一位同学提出的问题：可以创建自己的./bashrc吗？
答案：不可以，在创建用户名时已经创建./bashrc，查看./bashrc里面保存什么
cat .bashrc
##里面有很多信息
##里面前面加#的内容，可能是一些注释信息
##没有注释的代码，在登入服务器是就被自动执行
##举例子：
##alias的意思是取别名
alias ll='ls -alF'
##让ll等于ls -alF
##分别运行ls -alF和ll，它们运行出的结果一样
##这是被设置好的，如果以后拿到一台服务器，不一定是这个设置
alias la='ls -A'
alias l='ls -CF'
安装conda时，修改了系统里的bashrc，source或是重新登录就会被激活
写入conda一句非常关键的信息
export PATH="/home/ashu/miniconda3/bin:$PATH"
##这个是原来的$PATH，添加了bin目录
echo $PATH
echo $PATH | tr ':' '\n'
conda在.bashrc里添加两句
/home/ashu/miniconda3/bin
/home/ashu/miniconda3/condabin
#/usr/local/bin
##现在能理解
#安装conda之后，需要source ./bashrc，重新运行里面的代码，才能生效。或是重新登录
写入的两句代码
conda在PATH和bashrc里，在哪个位置
conda --help
which conda
#/home/ashu/miniconda3/bin/conda
echo $PATH |tr ':' '\n'
##理解conda，bashrc，PATH三者的关系：安装conda，conda修改bashrc，conda所在目录是在我们PATH里面，所以可以调用成功。conda修改了PATH，添加路径/home/ashu/miniconda3/bin，然后又把添加的代码写在bashrc，激活bashrc或是重新登录服务器
- 如何管理 PATH
在小环境rna里安装fastqc，在base里fastqc --help报错
echo $PATH | tr ':' '\n'
fastqc --help
conda activate rna
fastqc --help
echo $PATH | tr ':' '\n'
##发现多加了一句/home/ashu/miniconda3/envs/rna/bin
##激活小环境后，修改bashrc，就是多加上面那一句代码。
##激活小环境的原理是，在PATH里添加一个路径
which fastqc
##/home/ashu/miniconda3/envs/rna/bin/fastqc
conda deactivate
##退出小环境rna，不需要加rna
which fastqc
是否在小环境运行which fastqc结果不同
小郭老师踩了很多坑探索出来的，有空再看看这个PATH的视频
如何管理$PATH：理解环境变量 $PATH 是非常重要的，对后续的环境和软件管理都非常重要。
推荐方法：在自己家目录下创建一个 ~/bin/ 文件夹并将其添加到环境变量，后续安装软件，就将软件的可执行文件拷贝或软链接（绝对路径）到这个 bin 文件夹：
##一定要退出小环境，才进行以下的操作
mkdir ~/bin
echo 'export "PATH=${HOME}/bin:$PATH" ' >> ~/.bashrc
##${HOME}加上{}是让系统能识别到，避免与其它变量混在一起后续出问题
##原来的echo 'export "PATH=~/bin:$PATH" ' >> ~/.bashrc
##有时候波浪线~会识别错误，所以用${HOME}替代~
source ~/.bashrc
cat ~/.bashrc
echo $PATH | tr ':' '\n'
##/home/ashu/bin，多了这一句
成功加上PATH
echo $PATH | tr ':' '\n'
打印PATH
说明
以上内容是听生信技能树小郭老师授课内容以及参考课件。
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