一八三六年四月，圣·安纳的投降
这时，奥斯丁已被墨西哥放回。墨西哥当局认为奥斯丁是温和派可以缓和当时的局势。但奥斯丁在墨西哥城的经历让他彻底改变了他对墨西哥的态度，成了一个坚决的主战派。奥斯丁被任命为德克萨斯保安委员会主席，在一八三五年十月的全德克萨斯大会上，奥斯丁主张德克萨斯必须完全独立。同月，德克萨斯临时政府成立，亨利·史密斯(Henry Smith)为德克萨斯总督，奥斯丁为德克萨斯总司令，休斯顿为东德克萨斯总司令。
稍后，奥斯丁因不谙军事，请辞总司令并被派往华盛顿求援。十一月初，休斯顿被任命为德克萨斯总司令。牛仔出身的休斯顿在打仗这件事上异常冷静，他知道面临的是以寡敌众的局面。因此，决不可以乘匹夫之勇，必须等待时机以智取胜。但休斯顿的部下认为他胆小无能。
同年十二月，竞然有三百名士兵在本·米伦的带领下冒然进攻阿拉莫城堡，侥幸获胜，一千多守军投降。阿拉莫城堡易手，休斯顿意识到圣·安纳一定会派兵报复，决定从阿拉莫城堡撤兵。奇袭的胜利，让德克萨斯军队忘乎所以，以至于没人听命于休斯顿。为此，休斯顿被迫回家休假。
阿拉莫城堡留下了将近二百名士兵在屈维的率领下，负责保卫阿拉莫城堡。圣·安纳率领六千士兵于一八三六年二月对阿拉莫城堡进行围攻。阿拉莫城堡的德克萨斯军队进行了顽强的抵抗，二月底，终因寡不敌众，阿拉莫城堡被攻陷。
为了报仇，墨西哥军队杀死了阿拉莫城堡的所有美国人。这一屠杀大大地刺激了德克萨斯人和美国人。紧接着，在三月一日，德克萨斯议会在华盛顿（徳州地名）开会，宣布德克萨斯独立。休斯顿再任德克萨斯总司令，休斯顿手里终于有了一支一千四百人的队伍。
休斯顿再次要求哥利亚(Goliad)的德克萨斯军队避免同墨西哥军队开战，哥利亚守军首领帆宁(James Finnin)不听，三月底，帆宁被迫投降。墨西哥军队再次食言，屠杀了所有哥利亚的德克萨斯士兵，一共四百四十五人。枪杀从凌晨六点一直到晚上八点多，尸首堆积如山，见此情景，铁石心肠的人也会掉泪。
当时的美国军队驻扎在美国与德克萨斯的边境，因美国总统有令，不得进入德克萨斯救出德克萨斯的美国人。四月，德克萨斯全国会议再次致书休斯顿，要求他即刻开战。但休斯顿头脑很冷静，他知道敌众我寡，只能智取，不能硬来。
在圣安纳孤军深入到圣哈奇托湾(San Jacinto Bay)时，休斯顿直取圣哈奇托湾的战略要地林奇渡(Vince‘s Bridge)，在那里布下重兵，等待圣安纳的到来。休斯顿熟知墨西哥人有睡午觉的习惯，就在对方午睡时发起了攻击。对方仓促应战，战斗异常激烈，休斯顿身中三枪，一直坚持指挥，直到战斗结束。
墨西哥军队大败，死伤一千多人，而德克萨斯方面二十六人受伤，九人死亡。圣安纳随败军逃亡，第二天被抓。从圣·安纳的队伍里，休斯顿搜出了价值一万二千美元的黄金。休斯顿把黄金平分给了所有的部下，自己分文不取。
抓住了圣安纳，几乎所有德克萨斯人都要杀他报仇，只有冷静而又精明的休斯顿知道圣·安纳是德克萨斯独立的关键。休斯顿与圣·安纳暗中签订了德克萨斯独立的条约以换取他的性命，休斯顿并没放他回墨西哥，而让他成了休斯顿手中的人质。
打完了这场德克萨斯独立的关键一仗，休斯顿因伤病，前往新奥尔良(New Orleans)治疗。在上船时，因新任的德克萨斯陆军部长与休斯顿有矛盾，竟然不让他上船。休斯顿手下的士兵几乎哗变。休斯顿对他们劝道“一名士兵最重要的是要服从上级和国家法律，只有这样才能享有最高的公民权力。我很遗憾有人对事件表示不满，如果这种不满是因我而起，那就请大家行行好，不要再为此不满。”
一八三六年九月，休斯顿当选为德克萨斯共和国第一任总统，德克萨斯共和国法律规定总统不得连任。休斯顿又当选为第三任总统。
在休斯顿担任总统期间，他全力使德克萨斯能够加入联邦。他很清楚，墨西哥是一定要夺回德克萨斯的。但因为德克萨斯实行奴隶制，美国国会内的北方议员，为了平衡国会内的南北势力，强烈反对德克萨斯加入联邦。并且，还有一个非常好的理由：如德克萨斯加入联邦，势必引发美国同墨西哥之间的战争。
尽管安德鲁·杰克逊一向支持德克萨斯加入联邦，但在其总统任期内，也不敢公开表示赞同。直到一八四五年二月，在詹姆斯波尔克任总统时，德克萨斯才成为美国的一个州。
德克萨斯加入联邦之后，休斯顿担任了十三年的联邦参议员。直到一八五六年，休斯顿退出联邦参议员竞选。在参议员任内，他曾指责南方屯积军火，并指出分裂联邦就是判乱。
一八五七年，休斯顿竞选徳州州长，未果。一八五九年，休斯顿当选为徳州州长。内战前，南方各州州长签署了一个分裂计划，惟独不给休斯顿。因为他们知道，休斯顿必然反对。休斯顿还曾为保持联邦作过呼吁：“所有分裂的言论都是叛乱性的，即便林肯（Abraham Lincoln）当选总统也一样。联邦比林肯比总统要珍贵的多。我们要为宪法而战，我们要在联邦的大前提下作战，为保卫联邦而战。”
一八六一年，林肯当选总统，南方各州纷纷脱离联邦，只有徳州迟迟不动。徳州议会要求宣布德州脱离联邦。休斯顿采取拖延政策，宣布要由全州公民投票来决定徳州的去留。
最后的公投结果是多数人赞成脱离联邦。州长休斯顿在宣布公投结果时称德州将回到独立而不是加入南方各州的叛乱。此举使徳州议会大怒，给了休斯顿一个最后通牒，要他在两天内加入南方各州的叛乱，否则罢免。
休斯顿凛然不屈，并对徳州议会的作法发出抗议。最后，徳州议会还是以多数罢免了休斯顿的徳州州长。于是德州成了叛乱州之一。
当时一批拥戴休斯顿的人不服，要和州议会动武。休斯顿出来劝阻道“你们难道都疯了吗？你们难道不知道内战的结果会有多可怕吗？当我们指责他们的愚蠢和邪恶时，你们真想为一个即将入土的老人能多做几天州长而在徳州的土地上流德州人的血吗？不，决不。告诉他们，我为他们的友谊和他们的忠诚而骄傲。但为了正义，请他们解除武装回家。”
那一年，休斯顿六十八岁。完成了休斯顿夫人玛格丽达(Margaret Moffette Lea)的心愿解甲归田，从和休斯顿结婚的那一天起，玛格丽达就一直希望休斯顿远离政治解甲归田。这时侯，他们真的休息了。休斯顿于一八六一年七月二十六日病逝。他预言南方必败，但他没有能够活到预言成真的那一天。
休斯顿对于美国和徳州居功至伟，今天在圣哈奇托湾战场遗址上的碑刻上有所记载：“圣哈奇托湾战役是历史上以少胜多的著名战役，也是一场非常有效的战役。由于这次战役的胜利，德克萨斯得以独立，加入美国。因之而起的美国墨西哥战争导致了三分之一的美国现有领土易主，近一百万平方英里的领土因之改变了主权。这些领土使得美国的西北边界一直向西北延伸，直到太平洋和加拿大边境。”
2009年2月
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