索引构建

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name="star_index"
fastq_dir=~/hg38/GRCh38.p12.genome.fa #genecode下载，并放在目的目录（自己随意放），截止05072019 最新版本
gtf_dir=~/hg38/gencode.v30.annotation.gtf #（同上）
out_dir=~/STAR/hg38/genecodev30
ml STAR
STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir $out_dir --genomeFastaFiles $fastq_dir --sjdbGTFfile $gtf_dir --sjdbOverhang 284 --runThreadN 20

构建好索引后，第一次比对

#!/bin/bash

genome_dir=~/index/STAR/hg38/genecodev30
out_dir=~/STAR_Align_V30/First
data_dir=~/trimed/reads
job_directory=~/trimed/reads
mkdir -p out_dir
for i in $(ls $pwd *.fq.gz | sed s/.trimmed_R[12].fq.gz// | sort -u);do

    job_file="${job_directory}/${i}.job"

    echo "#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=${i}.STAR.job
#SBATCH --output=$out_dir/${i}.out
#SBATCH --time=3:00:00
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem=30g
ml STAR
STAR --runThreadN 10 --genomeDir $genome_dir \
--readFilesCommand zcat \
--readFilesIn $data_dir/${i}.trimmed_R1.fq.gz  $data_dir/${i}.trimmed_R2.fq.gz \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--outFileNamePrefix $out_dir/${i}">$job_file
sbatch $job_file
done

未完待续