#!usr/bin/perl
open FA,"$ARGV[0]";
$/=">";
<FA>;
while(<FA>){
chomp;
my ($id,$seq)=split/\n/,$_,2;
$seq=~s/\n//g;
$seq=~s/\s//g;
$len=length $seq;
print "$id\t$len\n";
}
#!usr/bin/perl
open FA,"$ARGV[0]";
$/=">";
<FA>;
while(<FA>){
chomp;
my ($id,$seq)=split/\n/,$_,2;
$seq=~s/\n//g;
$seq=~s/\s//g;
$len=length $seq;
print "$id\t$len\n";
}
在这个例子中，主要的目标是评估基因组组装后的信息，包括染色体的总长度、染色体的数目、染色体的平均长度、最长的染色体...
实战演练
基因组长度 利用seqkit统计长度 结果如下： sum_len总长度 各条染色体 利用pyfaidx 或者利用s...
我们在做基因组或者转录组数据分析的时候，经常需要用到染色体的长度。今天我们就来聊聊如何获取染色体的长度。我们以人的...
Fasta序列长度的计算的原理就是将不同染色体长度存入哈希，最后用length去计算哈希元素（字符串）的长度。 p...
一，安装circos 二,数据准备 1，计算染色体长度 2，生成染色体文件 7列 karyotype.txt 3,...
1. 解决的实际问题，计算人类参考基因组hg38每条染色体碱基数据ATCG的比例 2. 计算人类参考基因组hg38...
计算FASTA文件中每条序列的长度输入文件fasta.txt 脚本如下，脚本名：get_fasta.pl 运行脚本...
题目来自生信技能树论坛 统计人类参考基因组的每条染色体长度，每条染色体N的含量，GC含量因为我下载的是hg38,所...
本文标题：Perl脚本--计算基因组中染色体的长度
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/ehmfwhtx.html
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