当个人PC机不能满足当前算力需要,笨重的服务器又不能天天扛着走的时候,就需要云平台了。基于Linux的R Studio Server就是一个不错的选择。
根据R studio官网的教程,首先要确定自己的Linux版本,根据版本不同,选择不同的链接。这些,官网的页面都帮你做好了,手动点赞。
查看当前Linux版本代码如下:
gcc -v
>Thread model: posix
gcc version 9.3.0 (Ubuntu 9.3.0-17ubuntu1~20.04)
先直接下载完整版的R,如果是在root下可以把下面代码的sudo去掉。
sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
命令行输入R后看到版本,提示安装成功,下一步就是安装R studio server
R在Linux下安装成功
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2022.07.2-576-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2022.07.2-576-amd64.deb
在ubuntu系统中,跑完上述代码,就是安装成功了,Rstudio-server会自动启动的。如果是云服务器的话,设置好安全组的入方向规则,把8787端口开放访问,然后在浏览器中输入<服务器公网IP:8787>即可出现登录界面。
image.png有了服务器,可以将资源进行共享,这也是R studio server的亮点之一,可以实现多人在线协作,共同开发项目。但是需要注意的是,一个账号只能在单独使用,同时登录的话,先登录的会被挤下线。
R studio server 多用户设置,参考多人在线协作R开发RStudio Server和Configuring RStudio Workbench / RStudio Server还有Rstudio-server的安装与使用进行。
# 查看当前系统下所有的用户组
cat /etc/group
用户组列表
可以看到已经有名为 rstudio-server的用户组,这是rstudio-server默认建立的用户,可以直接使用,也可以建立其他用户组。
#建立新用户
useradd -g rstudio-server -m -N -s /bin/bash 自定义用户名
#设置密码
passwd 自定义用户名
-g rstudio-server # 将新用户添加到rstudio-server组
-m #建立用户目录 默认为 /home/username
-N #不建立以username为名的组,默认情况下会建立
-s /bin/bash #指定shell环境
这篇帖子里也提供了内网穿透的方法WSL2-ubuntu18.04配置笔记 :6Rstudioserver配置,有需要可以查阅。
image.png好的,可以开始愉快地和小伙伴一起开心地干活了。
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|如果你兴冲冲地去开始跑代码,却从libray各种包开始报错,请回来再看看下面的提示|
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新的环境,当然会缺少各种依赖包啦,所以,我想从GEO数据库中进行表达谱下载时就出现了各种问题,连一些常用包都加载不出来,参考了网上各种帖子之后还是没有解决问题,甚至一度想将R换回旧版本,毕竟,有太多包不支持最新版本的R。
几番尝试无果后,回头把报错信息一行行看过去,才发现人家已经贴心地为你准备好了解决方案。
于是,在Linux下运行以下代码:
apt-get update
apt install libssl-dev
然后再回到R studio去安装,报错就没了。
BiocManager::install("umap")
报错并不可怕,冷静下来,仔细阅读报错信息,然后低调地去干活,才能闷声发大财。
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