现在大家都知道:生信需要结合新热点才比较好发表,谁能第一时间把热点做出来,谁就能获得发表的优势。一般热点在肿瘤应用得比较多,非肿瘤很少用到,做非肿瘤的粉丝经常会这样问道:现在什么热点适合做生信?找到了热点之后,如何在非肿瘤中应用?
现在来告诉你答案,非肿瘤除了可以做铜死亡、m7G热点外,还可以做染色剂调节因子这个热点。
什么是染色质调节因子?
染色质调节因子(CRs)是一类具有特殊功能结构域的酶,能够以细胞环境依赖的方式识别,形成和维持表观遗传状态 。CRs是表观遗传学不可或缺的上游调节因子。 根据表观遗传学中的调控作用,CRs 通常分为三大类:DNA 甲基化、组蛋白修饰和染色质重塑因子。CRs的异常表达与炎症、细胞凋亡、自噬和增殖等多种生物学过程有关,这表明CRs的失调可能导致包括癌症在内的多种疾病的发展。因此, CRs有望成为多种疾病治疗的新靶点。
具体怎么样做呢?我来教你,具体步骤如下:
第一步,提取染色质调节因子相关的基因(CRs)
第二步,进行差异分析,得到差异的CRs
第三步,对差异的CRs进行GO、KEGG、DO富集分析
第四步,对差异的CRs进行PPI分析并且筛选hub基因
第五步,利用ssGSEA算法获取相关的免疫细胞和免疫功能浸润矩阵,并且绘制相关的热图
第六步,进行免疫细胞、免疫功能之间的相关性分析
第七步,对免疫细胞、免疫功能进行差异分析
第八步,进行hub基因与免疫细胞、免疫功能的相关性分析,并且筛选出与免疫最相关的hub基因(IHGs)
第九步,利用IHGs构建模型,并且绘制列线图、ROC曲线、校准图
第十步,预测IHGs相关的药物
第十一步,预测IHGs相关的miRNA
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