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微卫星不稳定性

微卫星不稳定性

作者: 小森的生统笔记 | 来源:发表于2021-02-01 14:43 被阅读0次

    输入文件

    1. 第一列样品名称,第二列微卫星不稳定性打分
    2. 如果自己做下载Bam文件很大,可以用前人保留的文件
    3. 基因表达文件

    脚本

    1. 读取表达文件和MSI文件,删除正常样品,两个文件取交集
    2. 相关性检验,对肿瘤类型进行循环,提取表达数据,MSI数据,转换为数值,进行spearman相关性检验,得到pvalue
    3. 把肿瘤名称与MSI相关系数和pvalue输出;pvalue可以带有显著性检验标星

    雷达图

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