输入文件
- 第一列样品名称,第二列微卫星不稳定性打分
- 如果自己做下载Bam文件很大,可以用前人保留的文件
- 基因表达文件
脚本
- 读取表达文件和MSI文件,删除正常样品,两个文件取交集
- 相关性检验,对肿瘤类型进行循环,提取表达数据,MSI数据,转换为数值,进行spearman相关性检验,得到pvalue
- 把肿瘤名称与MSI相关系数和pvalue输出;pvalue可以带有显著性检验标星
本文标题:微卫星不稳定性
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