时候叶老师因为自己的仇恨完成了自我黑化，于是他就把包含地球坐标的信息发射到了外太空中，期待能有一个外星文明能够和他一起来毁灭地球。恰好在地球 4 光年外的三体新人接受到了叶老师发来的宇宙Email。此刻的三体人正生活在水深火热之中，他们的星球上有 3 个太阳环绕，而且 3 个太阳的运转是完全没有固定规律的，生活环境是极为的恶劣。三体人一看地球是个山清水秀，鸟语花香的好地方，叶文杰的这条信息，那真的是想喝奶了，送来娘了，想看视频了，刷到了蚌壳。于是他们就收拾好了铺盖卷，举家准备搬迁到地球。而三体的科技跟文明程度远超地球。对于三体人来说，碾死地球人就像拍死一只蚂蚁一样简单。他们距地球一共是 4 光年的距离，按照他们舰队的平均移速，到达地球需要 400 年。为了防止这 400 年内地球的科技超过 3D 人，他们就提前派了一个叫质子的东西到达地球。
质子这东西解释起来非常复杂，简单点说，就是一种由二维展开改造后的智能微端粒子，它可以逐刻上电路，制造成超级计算机。说到这里，你们是不是也听不懂？总之你知道它是一个很牛掰的东西就可以了，它到地球上有两个作用，一方面可以通过干扰人类物理学实验锁死人类科技，让人类的基础物理学一直停滞不前。另一方面可以监视人类的一举一动。一些脑抽的人类为了迎接三体人到来，在叶文杰跟二代伊文斯的带领之下，成立了三体组织，他们配合三体人清除一切阻碍三体人降临到地球的威胁。他们还开发了一款游戏，叫三体游戏，游戏中隐藏了大量三体文明的信息，这款游戏的主旨就是为了让新加入的成员能够更好的了解三体文明。
在三体组织跟至死的配合下，地球上众多科学家因为科技被锁死，导致自己的实验错乱并且失败，科学家们纷纷选择了自杀，各国的高层发现这一诡异现象后，就开始调查三体组织，最终被各国发现。在各国的联合作战中，三体组织大部分被歼灭，伊文斯也死于古筝行动中，而另一位领袖叶文杰被逮捕。
各国得到了大量三体文明的资料，不看不知道，一看是吓一尿人类通过解读三体资料，了解到三体文明想要覆灭人类，就如踩死蚂蚁一样简单。三体的科技文明程度远超人类，并且到了无法想象的程度。虽然人类的科技上是不如三体人，但是人类有一样三体人不曾拥有的武器，那就是阴谋诡计。由于质子可以听懂人类的语言，读起地球上的所有书籍跟计算机信息，在三体人的眼中，地球人完全就是一个裸奔的状态，三体人的思维是透明的，他们是不会说谎的，但是人类会，三体人的质子是无法洞穿人类的思维的，所以人类根据这一特点就开始制定了面壁计划。
人类选出了 4 位面壁者，他们可以不用向任何人说明自己的计划，但是却可以调动地球上一切的资源，并且不需要向任何人解释。这 4 位面壁者中就有一位，正是三体小说第二部黑暗森林的男主角。罗技为了对抗面壁计划残存的三体教，又选出了几一个破壁人，跟面壁人设定是一样的，破壁人为了破解面壁人的计划而出现，他们可以利用地球三阶组织中的一切资源，只为打破面壁者的计划。除了逻辑之外的 3 位面壁者全部被破壁成功，只有逻辑没有被破壁，因为这货压根就无壁可破。
当其他 3 位面壁者为了人类的未来苦思冥想之时，罗技却用他面壁者的权限找了一个绝世大美女，然后带着这个绝世大美女跑到了一个山清水秀，鸟语花香的地方，过起了小日子，还整了个大鳖爷，那生活可是美的不要不要的。反正人类的生死存亡跟我逻辑是毛关系没有，等到三体人到地球时，我早就嗝屁了，而且他做这些也不用向任何人解释，他可以说这是面壁者计划的一部分，但是大家看，这不行，面壁者就剩你一个了，你不得想想爸爸吗？于是人类这边就控制了罗技的家人，让罗技赶紧想辙。
对付三体人，罗技在万般无奈的情况下，突然突然想起自己跟第一部的女主角叶文杰有这么一番对话。叶文杰告诉他两句话，第一句话，生存是文明的第一需要。第二句话，文明不断增长和扩张，但是宇宙物质的总量保持不变。叶文杰的这番话隐藏着击败三体的秘密。罗技在此时突然想起叶文杰这番话，仿佛他的任督二脉都被打通了，他让人类利用太阳作为信号发射了某颗恒星的坐标，并且预测这颗恒星将被毁灭。当时各国都已经不再对逻辑抱有希望，转而开始发展各自的应用物理科技。基础物理学虽然被三体人锁死，但是应用物理并没有，而罗技则是利用冰冻技术进入了独棉。
时间转眼到了二百年后，公元 2212 年，三体人的一颗水滴状的探测器进入太阳系。此时的人类应用科技得到了超速的发展，大量先进的宇宙战舰被建造了出来。于是人类就派遣了 2000 多艘横行机宇宙战舰去迎击这个只有 3. 5 米米的三体探测器。这个仅有 3. 5 米的水滴探测器，刚跟人类的舰队一照面，就用人类不可想象的方式，将这 2000 艘横行级战舰瞬间毁灭。而毁灭的方式也非常简单粗暴，就是撞击十几分钟内，人类的战舰跟放鞭炮一样，被水滴全部撞毁。用一句话概括，那真是辛辛苦苦二百年，一点鞭炮全玩完。人类本来是想显摆一下，这时候却被三体人分分钟打脸。这个仅有 3. 5 米的水滴探测器，你把它放大 1000 万倍，它的表面也是光滑如初。这是人类一直梦寐以求却又无法触及的微观事件。人类所有的希望在这一刻瞬间毁灭。
在众人绝望的时刻，人类发现罗技之前发射坐标的那颗恒星被摧毁。于是大家赶紧叫醒逻辑，苏醒后的罗技解除了面壁者的身份。二百年前，面壁计划已经被世人当成了大笑话，但是 3D 人依然是罗技为他们最大的威胁。在在躲过一次又一次暗杀之后，逻辑突然要求跟三体人对话。他说如果三体人不停止对地球的进攻，他就引爆布置在太阳周围的物质。一旦开关被引爆，三体星系的坐标就会向全宇宙广播，太阳系也会一同暴露。而且开关就是自己的身体，只要自己死亡，开关就会被触发，逻辑用枪对准自己的脑袋威胁三体人。一向把地球人当成虫子的三体人，这一下子终于怂了。
说到这儿，我就要解释一下上文中说的逻辑，从叶文杰那里领悟到的黑暗森林法则。宇宙就像一个黑暗森林，每一个文明都是一个有威胁的猎人，在被对方发现强，你不知道他是不是有威胁，所以被发现后只有一条路可走，就是开枪干掉他。所以说，逻辑炉火向宇宙发射，三体人的坐标，三体人就会被更高的文明发现并且摧毁。
当然了，人类所在的太阳系也是一样，这就是逻辑同归于尽的面壁计划。三体人看逻辑这么不要命的玩法，也就怂了，停止了进攻，三体人妥协了。而拯救大家的逻辑在二百年后也跟他的妻儿再次相聚，从此人类进入了威慑纪元。这个时候的三体人不但是跟人类妥协了，还帮助人类进行了科技升级，并且建造了全新的引力波发射器，这东西可以向全宇宙发射三体跟太阳系的坐标。靠着这种威慑，人类跟三体人维持着微妙的和平。引力波发射器的开关被罗技所掌握，由于生平日久，罗技从之前的救世主慢慢成为了人类眼中的暴君。因为两个星球的命运被一个人所掌控，这种做法太危险了，万一哪天他要跳一个质疑你太美，那可怎么办？掌管引力波发射器的人被称为执剑人，人类的高层通过研究决定要更换执剑人，罗技就把引力波发射器交给了一个叫诚心的女人。这个诚心就是三体小说第三部死神永生的女主角。
程昕在学生时代被一个叫云天明的同学暗恋，恰好这时候云天茗又患上了绝症。得知后的程昕就主动找到了云天茗，希望他能够参加地球，制定了阶梯计划。所谓的阶梯计划就是将一颗携带人类大脑的探测器发射至三体人那里，然后去探测三体人的信息。当时人类探测器的速度已经能达到光速的 1% 了，但但是所能携带的重量是非常有限的，它只能携带一颗人类大脑。云天明一看，反正自己也要嗝屁了，又是暗恋了女神，要自己的脑子，那就给他吧。云天明果断加入了接堤计划，云天明的大脑也被送到了三体人那里，在出发前云天明还买了一颗夜空中的星星送给了女神诚心。
转过头来，诚心从罗技的手里接过了引力波发射器。在接过控制器的那一刻，三体人突然对人类发起了进攻。这时候程昕面对了一个非常艰难的选择，自己到底要不要摁下这个开关来毁灭两个星球？最终成心还是没有摁下去的勇气。而此时，三体人趁势摧毁了地球上仅有的 3 个引力波发射台，三体人将人类全部驱赶到了澳大利亚。此刻死亡、绝望饥荒在人类中传播开来，眼看着人类就要被三体人奴役并且消灭。这时候外探空一艘在外执行任务的飞船，万有引力号被叛逃的蓝色空间号转眼所占据，他们偶然间进入了四维空间，并且利用四维空间干掉了三体人的水滴。这一艘飞船上带有引力波发射器，船员们为了报复三体人入侵地球的行为，就在众船员的几匹投票下，向宇宙中发送了三体星系的坐标。三体人就这样被更高的文明所摧毁，当然了，随之地球的坐标也就暴露了。这时候，跟着三体人一起逃亡的云天明跟地球取得联系，他在逃亡时要跟程昕见上一面。在三体人的监视之下，他巧妙地用 3 个同化的故事向程昕透露了大量的情报。
说完后，云天明跟女神恋恋不舍的分别了。人类也从云天明所讲的童话故事中悟出了躲避黑暗森林打击的办法。第一个就是掩体计划，在远离太阳的巨型行星背后建立致命卫星，来躲避末日打击。第二个就是建造光速飞船，让所有人类飞出太阳器。第三个就是黑计划，降低太阳系的光速，使太阳成为一个黑洞。但是这样做，人类永远也就飞不出太阳系了。于是人类就选择了第一个掩体计划。
在此之前，程鑫还给自己的上司韦德开了一家公司，公司运营是由韦德负责，最终控制权在程鑫手里。韦德开始利用空间曲滤驱动原理研究光速飞船。但是空间曲滤驱动会在宇宙中留下大量的痕迹，这样可能会提前暴露人类的坐标，所以大家都觉得光速飞船只会让人类死得更早。
所以在舆论的压力下，人类的官方宣布要终止韦德的研究，韦德为了继续研究，就选择跟人类开战。这时候，成大圣母再次站了出来，为了全人类的未来，他收回了韦德公司的控制权，终止了韦德的研究。韦德此刻也身败名裂，被杀害了。临死前，韦德说了一句特别有名的话，就是失去人性，失去很多，失去兽性，失去一切。韦德死后，人类很快就迎来了新的末日打击，但是这一次末日打击已经不是人类想象的那么简单了。宇宙神级文明歌者文明发现了地球人，歌者文明随手扔了一张卡片大小的二向箔，对太阳系进行打击，这个二向箔能将整个太阳系从三维降为二维，也就是真正的降维打击。什么意思？简单点说，就是地上有个泥球，你一脚上去，把这整个泥球踩成了一个平面，向维打击，就是把三维的物体给你拍成二维平面。这一次整个太阳系都被拍成了一幅画。
而在毁灭之际，只有成心跟 IAA 两个幸存者靠着韦德公司秘密开发出来的光速飞船跑了出来。在跑路的过程中，他们还遇到了已经 200 岁的逻辑，他是人类文明最后的守墓人，太阳系消失后，诚心跟另一个幸存者关一凡一起生活，他们躲避在云天明送的小行星跟小宇宙之中。
而多年后，宇宙最强文明归零者用各种语言向全宇宙发送广播，说宇宙已经被各个文明之间的战斗摧毁的不像样子了。如果我继续下去，整个宇宙都会跌入一维或者0维的空间，所以整个宇宙需要重启，让宇宙重回 11 维的田园时代。重启需要各个文明归还。之前藏起来的小宇宙要维持物质守恒定律，如果宇宙的物质总量不能够保持，那么重启就不会成功。这个时候成大圣母再次决定配合宇宙总结，它将小宇宙归还，但是却在最后留下了 5 公斤的物质作为回忆，作为人类文明最后存在的证据。做完这一切之后，诚心就跟关一凡一起走向了宇宙的毁灭之门。
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