前言：作为一名预备生信人，生信软件不可或缺。在学习了简单的Linux系统操作命令之后，潜心于学习小组的第三天的我们get到了如何在Linux安装软件。

如何在Linux安装软件？

1.确定目标：给咱们的服务器安个“应用市场” → Linux的应用市场叫conda，我们选择的是精致免费软件包多让我们用了一次还想用第二次的精华版miniconda

conda关系图 (出自公众号生信星球)

2.下载miniconda

Step:
a. Google/Bing等搜索引擎中搜索清华的conda镜像 “miniconda 清华”
b. 输入命令 uname -a 查看自己服务器是多少位的
c. 进入网页https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
后能看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本，找到自己服务器对应的版本，右键复制下载链接
d. 登陆服务器，cd ~/biosoft 进入biosoft目录 (biosoft是之前新建的安放软件的位置。实际不一定是这个目录，随便哪一个目录都行，根据个人不同要求选择)
e. wget + <下载地址链接> 进行下载miniconda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3.安装miniconda

直接 bash + 文件脚本文件 同意后续所提示的所有信息，进行安装

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

[P.S. sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的]

4.激活miniconda （千万别忘了这步!!!）

命令行输入conda，出现满屏的信息说明安装激活成功了，conda可以使用鸟；但如果出现报错信息则可能是因为没有激活conda

那么怎么去激活conda这个小玩意儿呢？

固定搭配 source ~/.bashrc （注意后面不用加链接了）

5.下载镜像 （也别忘了这步!!!不然download不了相应的软件的）

#我们这里用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

6.然后就可以在conda里找喜欢的软件下载啦

conda指令小合集（以软件fastqc为例)：
conda list 查看当前所有软件列表
conda search 软件名 搜索软件 ,如

conda search fastqc

conda install 软件名 安装软件,在软件名后加个 -y 则可自动安装该软件,如

conda install fastqc -y

conda remove 软件名 -y 卸载软件

选修——conda分身术之conda环境

conda info --envs 查看conda环境 (前面带*的就是默认的)，如

base                  *  /home/bio01/miniconda3

新建环境：比如want to新建立一个名叫data_analysis的conda环境，然后指定python版本是3.7，安装软件fastqc、R（这两个可以一步完成）

输入conda create -n rna-seq python=3.7 fastqc R -y即可完成新环境的创建，结果再输入conda info --envs 查看conda环境可以按到如下

base                  *  /home/bio01/miniconda3
data_analysis            /home/bio01/miniconda3/envs/data_analysis
#环境base为默认环境，data_analysis是我新建的环境

激活新环境 （得激活才可以使用该环境噢)
输入conda activate data_analysis
这时默认的*就会转移到data_analysis前面，用户名bio01前面也出现了(data_analysis)
验证是否激活成功：输入fastqc或者R试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了

Day3完成！

结束了！