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【GSAman 使用记录】

【GSAman 使用记录】

作者: 佳奥 | 来源:发表于2023-01-04 17:50 被阅读0次

这里是佳奥!

这里记录一些我使用GSAman 的心得。

1、.gsaman文件

选择一个.gff3文件,直接修改文件后缀为.gff3.gsaman

把修改后缀的文件拖入即可,会创建索引文件

2、选择.gsaman的注释片段

右键 Copy CDS查看是否ATG开头,TAG结尾

右键 Copy mRNA序列,进TBtools,ORF Prediction——Complete/Partial ORF Predict (Single Mode),预测开放阅读框

3、注释预测 Softberry

http://www.softberry.com/
http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

右键 Softberry Predict

进入网站复制序列,选择物种,全选结果复制到弹出窗口

4、切除/添加外显子

发现一段基因中间有内含子:右键 SLICE this exon,然后鼠标左右拖动

添加外显子:右键 ADD/INSERT an exon

5、导出.gsaman到.gff3

右键,EXPORT to gff3 File

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