从NCBI下载数据

作者: MR来了 | 来源:发表于2021-04-17 17:22 被阅读0次

##执行
bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

## 先建立环境
conda create -n env_ncbi
## 进入环境
conda activate env_ncbi
## 安装
conda install -c bioconda entrez-direct

题目: Gut microbiota community characteristics and diseaserelated microorganism pattern in a population of healthy Chinese people
在ncbi找到bio project: PRJNA481854
执行下面的命令：

## 根据bioproject找到所有的accession list
esearch -db sra -query PRJNA481854 | efetch -format runinfo > runinfo.csv

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