编者按
前面我们介绍了不会编程如何根据序列ID提取序列，以及不会编程如何进行批量操作，这次我们来介绍一下，在不会编程的情况下，如何截取序列。
输入文件
截取序列有多种方法，可以使用seqtk也可以使用bedtools等，输入文件为fasta格式，另外需要一个坐标文件，也就是需要截取哪条序列的哪个位置，这种基因组位置信息的文件其实就是bed格式文件。
fasta文件
>chr1
ATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCGTGTTGCCGATATTCTGGAAAGCAATGCCAGGCAGGGGCAGGTGGCCACCGTCCTCTCTGCCCCCGCCAAAATCACCAACCACCTGGTGGCGATGATTGAAAAAACCATTAGCGGCCAGGATGCTTTACCCAATATCAGCGATGCCGAACGTATTTTTGCCGAACTTTTGACGGGACTCGCCGCCGCCCAGCCGGGGTTCCCGCTGGCGCAATTGAAAACTTTCGTCGATCAGGAATTTGCCCAAATAAAACATGTCCTGCATGGCATTAGTTTGTTGGGGCAGTGCCCGGATAGCATCAACGCTGCGCTGATTTGCCGTGGCGAGAAAATGTCGATCGCCATTATGGCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCCCCATCGCCCAGTTCCAGATCCCTTGC
>chr2
CTGATTAAAAATACCGGAAATCCTCAAGCACCAGGTACGCTCATTGGTGCCAGCCGTGATGAAGACGAATTACCGGTCAAGGGCATTTCCAATCTGAATAACATGGCAATGTTCAGCGTTTCTGGTCCGGGGATGAAAGGGATGGTCGGCATGGCGGCGCGCGTCTTTGCAGCGATGTCACGCGCCCGTATTTCCGTGGTGCTGATTACGCAATCATCTTCCGAATACAGCATCAGTTTCTGCGTTCCACAAAGCGACTGTGTGCGAGCTGAACGGGCAATGCAGGAAGAGTTCTACCTGGAACTGAAAGAAGGCTTACTGGAGCCGCTGGCAGTGACGGAACGGCTGGCCATTATCTCGGTGGTAGGTGATGGTATGCGCACCTTGCGTGGGATCTCGGCGAAATTCTTTGCCGCACTGGCCCGCGCCAATATCAACATTGTCGCCATTGCTCAGGGATCTTCTGAACGCTCAATCTCTGTCGTGGTAAATAACGATGATGCGACCACTGGCGTGCGCGTTACTCATCAGATGCTGTTCAATACCGATCAGGTTATCGAAGTGTTTGTGATTGGCGTCGGTGGCGTTGGCGGTGCGCTGCTGGAGCAACTGAAGCGTCAGCAAAGCTGG
>chr3
CTGAAGAATAAACATATCGACTTACGTGTCTGCGGTGTTGCCAACTCGAAGGCTCTGCTCACCAATGTACATGGCCTTAATCTGGAAAACTGGCAGGAAGAACTGGCGCAAGCCAAAGAGCCGTTTAATCTCGGGCGCTTAATTCGCCTCGTGAAAGAATATCATCTGCTGAACCCGGTCATTGTTGACTGCACTTCCAGCCAGGCAGTGGCGGATCAATATGCCGACTTCCTGCGCGAAGGTTTCCACGTTGTCACGCCGAACAAAAAGGCCAACACCTCGTCGATGGATTACTACCATCAGTTGCGTTATGCGGCGGAAAAATCGCGGCGTAAATTCCTCTATGACACCAACGTTGGGGCTGGATTACCGGTTATTGAGAACCTGCAAAATCTGCTCAATGCAGGTGATGAATTGATGAAGTTCTCCGGCATTCTTTCTGGTTCGCTTTCTTATATCTTCGGCAAGTTAGACGAAGGCATGAGTTTCT
>chr4
CCGAGGCGACCACGCTGGCGCGGGAAATGGGTTATACCGAACCGGACCCGCGAGATGATCTTTCTGGTATGGATGTGGCGCGTAAACTATTGATTCTCGCTCGTGAAACGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGAACCTGTGCTGCCCGCAGAGTTTAACGCCGAGGGTGATGTTGCCGCTTTTATGGCGAATCTGTCACAACTCGACGATCTCTTTGCCGCGCGCGTGGCGAAGGCCCGTGATGAAGGAAAAGTTTTGCGCTATGTTGGCAATATTGATGAAGATGGCGTCTGCCGCGTGAAGATTGCCGAAGTGGATGGTAATGATCCGCTGTTCAAAGTGAAAAATGGCGAAAACGCCCTGGCCTTCTATAGCCACTATTATCAGCCGCTGCCGTTGGTACTGCGCGGATATGGTGCGGGCAATGACGTTACAGCTGCCGGTGTCTTTGCTGATCTGCTACGTACCCTCTCATGGAAGTTAGGAGTCTGA
>chr5
ATGGTTAAAGTTTATGCCCCGGCTTCCAGTGCCAATATGAGCGTCGGGTTTGATGTGCTCGGGGCGGCGGTGACACCTGTTGATGGTGCATTGCTCGGAGATGTAGTCACGGTTGAGGCGGCAGAGACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTGGGTAAGCAAATTCCAGTGGCGATGACCCTGGAAAAGAATATGCCGATCGGTTCGGGCTTAGGCTCCAGTGCCTGTTCGGTGGTCGCGGCGCTGATGGCGATGAATGAACACTGCGGCAAGCCGCTTAATGACACTCGTTTGCTGGCTTTGATGGGCGAGCTGGAAGGCCGTATCTCCGGCAGCATTCATTACGACAACGTGGCACCGTGTTTTCTCGGTGGTATGCAGTTGATGATCGAAGAAAACGACATCATCAGCCAGCAAGTGCCAGGGTTTGATGAGTGGCTGTGGGTGCTGGCGTATCCGGGGATTAAAGTCTCGACGGCAGAAGCCAGGGCTATTTTACCGGCGCAGTATCGCCGCCAGGATTGCATTGCGCACGGGCGACATCTGGCAGGCTTCATTCACGCCTGCTATTCCCGTCAGCCTGAGCTTGCCGCGAAGCTGATGAAAGATGTTATCGCTGAACCCTACCGTGAACGGTTACTGCCAGGCTTCCGGCAGGCGCGGCAGGCGGTCGCGGAAATCGGCGCGGTAGCGAGCGGTATCTCCGGCTCCGGCCCGACCTTGTTCGCTCTGTGTGACAAGCCGGAAACCGCCCAGCGCGTTGCCGACTGGTTGGGTAAGAACTACCTGCAAAATCAGGAAGGTTTTGTTCATATTTGCCGGCTGGATACGGCGGGCGCACGAGTACTGGAAAACTAA
bed格式文件
chr1056
chr21100
chr3389
chr44145
chr5125234
使用seqtk
$ seqtk subseq test.fa locus.bed
>chr1:1-56
ATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCG
>chr2:2-100
TGATTAAAAATACCGGAAATCCTCAAGCACCAGGTACGCTCATTGGTGCCAGCCGTGATGAAGACGAATTACCGGTCAAGGGCATTTCCAATCTGAATA
>chr3:4-89
AAGAATAAACATATCGACTTACGTGTCTGCGGTGTTGCCAACTCGAAGGCTCTGCTCACCAATGTACATGGCCTTAATCTGGAAAA
>chr4:5-145
GGCGACCACGCTGGCGCGGGAAATGGGTTATACCGAACCGGACCCGCGAGATGATCTTTCTGGTATGGATGTGGCGCGTAAACTATTGATTCTCGCTCGTGAAACGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGA
>chr5:126-234
GACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTGGGTAAG
使用bedtools
$bedtools getfasta -fitest.fa -bed locus.bed -fo output.fa
$ cat output.fa
>chr1:0-56
ATGCGAGTGTTGAAGTTCGGCGGTACATCAGTGGCAAATGCAGAACGTTTTCTGCG
>chr2:1-100
TGATTAAAAATACCGGAAATCCTCAAGCACCAGGTACGCTCATTGGTGCCAGCCGTGATGAAGACGAATTACCGGTCAAGGGCATTTCCAATCTGAATA
>chr3:3-89
AAGAATAAACATATCGACTTACGTGTCTGCGGTGTTGCCAACTCGAAGGCTCTGCTCACCAATGTACATGGCCTTAATCTGGAAAA
>chr4:4-145
GGCGACCACGCTGGCGCGGGAAATGGGTTATACCGAACCGGACCCGCGAGATGATCTTTCTGGTATGGATGTGGCGCGTAAACTATTGATTCTCGCTCGTGAAACGGGACGTGAACTGGAGCTGGCGGATATTGAAATTGA
>chr5:125-234
GACATTCAGTCTCAACAACCTCGGACGCTTTGCCGATAAGCTGCCGTCAGAACCACGGGAAAATATCGTTTATCAGTGCTGGGAGCGTTTTTGCCAGGAACTGGGTAAG
注意事项
1、bed格式文件必须是使用tab分割，如果是空格会出错，使用cat -T查看文件是否为tab分割；
#sed法
sed-i's/ \+/\t/g'locus.bed
#awk法
awk'BEGIN{OFS="\t";} {print$1,$2,$3;}'locus.bed
2、可以使用sed或者awk修改bed格式文件为制表符分割；
3、注意bed格式其实坐标从“0”开始，而不是从“1”开始。
购买服务器账号的用户可直接cp以下目录到个人目录下直接进行练习。
cp-R /ifs1/Example/65.subseq/$HOME
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