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转录组学习前应该了解的背景

转录组学习前应该了解的背景

作者: YQ菌 | 来源:发表于2019-01-27 16:41 被阅读0次

        有很多小伙伴当初跟我一样,在最开始学习转录组数据处理的时候,非常的迷茫,完全不知道生信该如何入手。

    针对一些问题,逐一进行回答:

        Q1:学生信做转录组数据分析是否一定要计算机背景?

        答:当然做生信肯定有些需要计算机基础的,但是相信我,这个要求并不高。虽然我本科就是生信专业的,但是,说实话,自己对生信的理解也差的不行,无非也就是知道一些简单的perl循环、生化、细胞的基础知识。直至上研究生,花了1个月左右时间自学,才能算是勉勉强强开始生信的转录组方向入门。所以,如果想要好好学习生信就要做好花充足的时间来进行基础知识的学习的觉悟,如果认为生信只是单纯的敲敲键盘就能实现数据分析。那么只能说,你碰到的肯定不是初学者,那都是将代码早就写好的脚本,直接运行的。

        Q2:实验室老师想要我学一点生信帮助自己实验室处理转录组数据,该不该自己来学?

        答:这个看个人的目的,如果想要一心一意发文章,而且也没有多少闲余时间,那么还是不要浪费时间来学相关知识了,因为需要的基础比较多且杂,而且做转录组数据分析这一块,可以摆脱别人帮忙,而且公司会给你一定的流程分析结果。主要问题就是:付出和回报不成正比。研究生或者博士生的时间是有限的,抓紧每一分钟,都对发好文章以及避免延毕有好处的。当然如果掌握了一个常规纯生物研究员都不会的技能,尤其是在这儿大数据时代,会获得很高的加分,对自己的实验也会很有帮助。

       Q3:学生信需要哪些基础?

        答:问这个问题的人是最多的,我这里只是说做转录组数据分析入门需要哪些知识,了解linux系统、掌握linux常用的10大命令及其主要参数、了解RNA-seq测序的基本原理、熟悉常见的测序以及数据处理过程中的各种数据格式。差不多就这些了,入门要求的并不多,但是后续的学习,就要开始逐渐涉及各种编程语言和让人眼花缭乱的软件了。   


    233333333,写文章真的不适合我,还是口语化一些比较适合我,我写文章的目的,主要是想要帮助自己更加深刻的学习转录组数据分析处理的各种知识,自己写文章的过程也是强化自己学习的一个过程,如果也有初入生信坑的小伙伴并且也是做转录组数据处理的能看到我写的文章,并对其学习有帮助,那也很好。

    第一篇文章主要都是一些题外话,后续会开始从常规的RNA-seq差异表达分析以及scRNA-seq数据分析来更新。

    本人目前中科院学习,研一新生,做的主要是肿瘤免疫单细胞数据处理,偶尔负责做一些常规的RNA-seq差异表达分析。

    超级大的Flag:保证周更!!!!!

    生信学习链接:

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    知乎live孟浩巍:https://www.zhihu.com/people/meng_howard/posts # 知乎上也是做转录组数据分析的孟叔【北大博士】,孟叔是生信坑【一个网站】的创始人,虽然这个网站刚刚建立没有多久。

    生信坑:https://www.bioinfo.info/ # 楼上孟叔创立,欢迎大家来灌水。【不过说句实话,里面人不是很多,主要是孟叔经常会来亲自回答问题,very nice】

    生信技能树:http://www.biotrainee.com/ # 生信工程师大佬jimmy【现在在澳门做博士】创建的生信学习网站,内容超级丰富,有各种大佬的帖子,但是有点乱,毕竟不是一个人写的。再就是只适合初学,后续的学习还是需要读文献以及github。

    简书:https://www.jianshu.com/p/2f05c8029cb2# 这个同学/老师,整理的一整套生信学习资料,资料有很多,但是整理成系统的人却不多,非常的感谢整理资料的同学,致敬。

    B站:https://space.bilibili.com/338686099?from=search&seid=182953180859410548# jimmy大佬真的是我非常敬佩的人,在B站上公开自己录制的视频,非常系统的生信学习视频。

    除此之外,生信学习还有很多网址,MOOC、github、CSDN、知识星球等,都是学习资料的重要来源,除此之外也有很多网站,此处就不一一介绍了。


    个人感觉能力略微欠缺,以上就暂做为资料分享吧,毕竟做个马马虎虎的东西自己都不想承认是自己做的。

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