空间转录组项目流程

空间转录组技术的精髓在于将基因表达在空间位置上的异质性的体现和组织病理学特征的分布相结合，探索不同病理学特征下转录组的差异。一起来看下空间转录组的整体流程！

图1 空间转录组贴片、染色、成像、组织透化、建库、测序和分析整体流程

1.样本质控

对于准备开展空间转录组实验的样本，需要首先对组织样本进行质控。样本RNA的Rin值 ≥ 7，且组织切片完整不褶皱即为样本合格。

图2 空间转录组样本质控

2.组织透化

不同组织的细胞组成及空间构成存在明显的异质性，因此在进行正式空间转录组建库实验之前，需要对每种组织类型进行透化实验，摸索最佳的细胞透化条件。选择荧光强度最亮的作为正式实验的透化条件。

图3 空间转录组组织透化结果

3.数据分析

正式实验的切片，在做了透化以后就可以进行建库测序了。得到的空间转录组数据经分析之后统计数据质量并进行可视化展示。小鼠脑组织实际分析结果：

图4 空间转录组数据质量统计 图5 空间转录组UMI Counts统计 图6 空间转录组spots 聚类结果