随着水产养殖技术的发展，以及工业废水、生活污水的大量排放，养殖用水的净化和重复利用已成为水产养殖业持续发展的关键。因此, 水处理作为水产养殖常规技术已越来越引起人们的重视。
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物理方法
根据水体及水体中污染物的理化性质，采用机械方法净化水质，如过滤、沉淀等，这些方法原理简单，应用普遍，许多养殖户自觉或无意识中已经使用。
1、沉淀 水中悬浮物质过多可使水体混浊度和粘滞性增大，影响水产动物特别是其幼体阶段的正常生长发育，故养殖用水必须先进行沉淀处理。养殖户应根据自身情况配备沉淀池。
2、换水 换水操作简单、效果较好，在生产实践中广泛应用。但采用换水方法调控水质不符合当今节约水资源的要求，并且目前养殖生产中换出的水常常不经处理就直接排放到外界环境中，加剧了环境污染，不予提倡，而且直接加换外界水，必须对外界水质进行分析、了解。
3、曝气 主要为增加水中溶氧量，清除水中有害气体，以达到改善水质的目的，常用手段是使用增氧机,增氧机能使池塘水体上下水层对流，增加水中溶氧量，使水中有毒气体氧化或溢出，打破水体分层，起到改善水质的作用,建议晴天中午开机1-2小时。
4、吸附 使用多孔固相物质（如活性炭、硅胶、沸石等）作为吸附剂来达到净水目的。
5、过滤 物理过滤法主要用以清除水中悬浮物及大型水生生物等。生产上往往利用筛网对水进行过滤，网目大小根据需要而定，还有砂滤、膜过滤，纤维过滤等等。
6、泡沫分离 向水中通气，水中的表面活性物质被微小的气泡吸附，浮于水面形成泡沫，通过收集并清除泡沫达到水质净化的目的。
7、紫外线照射 利用紫外线（波长200~400nm）对养殖用水进行消毒，杀灭水中臻病微生物。
8、磁分离法 利用电磁原理对水体中的重金属离子等污染物进行电磁分离，是较新颖的水处理方法，目前尚未普及应用。
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化学方法
利用化学反应来处理水中污染物或悬浮胶粒。
1、凝絮 使用一些化学试剂，使水中微小颗粒及胶体凝聚成较大絮凝体，加速沉淀，净化水质。通常凝絮剂对海水的处理效果较差。
常用凝絮剂有以下几种：
（1）铝盐 常用种类有硫酸铝、碱式氯化铝等。
（2）明矾 明矾中的铝离子具有很强的凝结能力，对于降低水的混浊度效果显著，在水产养殖特别是池塘养殖用水的净化处理中应用普遍。
（3）铁盐 常用种类有氯化铁和硫酸铁，但它们不如铝盐类凝絮剂应用广泛。
（4）农用石膏 主要成分为硫酸钙，可增加钙硬度，致使产生碳酸钙沉淀，对降低混浊度有一定效果。
（5）有机高分子凝絮剂 这类凝絮剂国外使用得较多，主要为缩合烯酰胺类有机化合物。
2、中和 改变水体过高或过低的pH值。常用生石灰等调节水体的pH值，使水呈中性或弱碱性，还能增加水中的钙含量，改良底质，杀灭病原体。新砌水泥池往往水中pH值过高，不利于水产动物生长，常用草酸、醋酸、稀盐酸等弱酸中和处理。
3、络合 最常用的是EDTA-Na2，可清除水体中含量过高的重金属离子。对于一些对重金属敏感的鱼、虾、贝等，其苗种培育用水必须经EDTA-Na2预处理后方可使用。
4、化学消毒 应用化学消毒剂与水中有毒物质发生氧化还原反应，降低或消除其毒性，杀灭有害微生物。
（1）卤素制剂 主要是含氯类消毒剂，其实质是产生次氯酸和次氯酸根离子，与水中有害物质发生氧化还原反应。常用种类有二氧化氯、漂白粉、二氯异氰尿酸钠等，还有二溴海因、碘制剂等。
（2）臭氧 它能破坏和分解细菌的细胞膜，迅速扩散透入细胞内部，氧化破坏或分解细胞内酶而迅速使病原菌致死。目前也有专门用于水产养殖的便携式臭氧发生器，较为经济适用。
（3）高锰酸钾 高锰酸钾是一种强氧化剂，在酸性、中性及碱性水环境中均有极强的氧化性，生产上不仅可用作杀菌消毒剂，也是一种良好的脱色除臭剂，但其质量分数太高也会对水产动物产生毒害作用，因此使用时须控制剂量。
（4）过氧化氢 又称双氧水，为无色、无臭、透明的液体，其氧化性较强，能够迅速破坏微生物及原生动物的蛋白质活性而起到灭活作用，已在虾病防治等方面取得了较好的效果。
（5）其他化学消毒剂 如季胺盐等
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