将prmtop和dcd轨迹导入vmd中，随后用vmd生成每一帧的PDB文件
pbc wrap -centersel "protein" -center com -compound residue -all
set ref [atomselect top backbone frame 0]
set sel [atomselect 0 backbone]
set prot [atomselect 0 protein]
set n [molinfo 0 get numframes]
for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } {
$sel frame $i
$prot frame $i
$prot move [measure fit $sel $ref]
$prot writepdb ./$i.pdb
}
quit
此tcl脚本可用于将每一帧的构象与初始时刻的构象align，并生成每一帧的PDB文件。如果不进行align，则为斜体部分。
将prmtop和dcd轨迹导入vmd中，随后用vmd生成每一帧的PDB文件 pbc wrap -centersel...
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本文标题：Amber轨迹生成PDB文件
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