2023-08-17安装sift4g和使用

1.创建单独的conda环境安装sift4g

conda create -n sift4g

mamba install -y sift4g -c bioconda

#依赖

conda install gcc_impl_linux-64

2.需要自己构建想研究物种的SIFT数据库，需要安装几个对应软件和perl模块

2.1 SIFT4G_Create_Genomic_DB （内含make-SIFT-db-all.pl）

git clone https://github.com/pauline-ng/SIFT4G_Create_Genomic_DB.git

2.2 下载安装DBI

wget-c http://www.cpan.org/modules/by-module/DBD/DBI-1.643.tar.gz

tar-zxvf DBI-1.643.tar.gz

cd DBI-1.643

perl Makefile.PL

make

make test

make install

2.3 安装LWP

perl -MCPAN -e "install Bundle::LWP"

perl -MCPAN -e"install HTML::Formatter"

perl -MCPAN -e "install IO::Socket::SSL and OpenSSL"

4.安装bioperl

wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.7.7.tar.gz

tar -zxvf BioPerl-1.7.7.tar.gz

cd BioPerl-1.7.7

perl Makefile.PL

make

make test

make install

##bioperl的检查make test可能无法通过.但是不影响后续安装和使用。

2.5 通过CPAN安装Switch.pm

输入命令cpan。

在提示符下cpan[1]>，键入install Switch。

完成后，输入exit。

参考：

https://www.jianshu.com/p/906f130c0529

https://www.tsingfun.com/it/os_kernel/2538.html