生信小课堂
影响因子：8.55
关于基因集泛癌分析的文章，我们最近也解读过很多
目前我们有一些基因集/通路的预分析结果，可以进行深入分析，也可以提供你感兴趣的基因集，我们来做分析。
研究概述：
糖基转移酶(GTs)在癌症的发展中起着重要作用。本文基于TCGA数据、CCLE数据、单细胞RNA测序数据集和蛋白质基因组数据，对GTs进行了泛癌症分析，旨在表征跨癌症类型的GTs的分子特征、生物学功能和临床意义。
研究结果：
一、泛癌数据中，GTs的遗传特征
1、GTs的总体突变频率相对较低，但在突变负担较高的癌症类型中，突变频率较高（图1A）。
2、生存分析显示，COAD中的UGGT2突变与更差的临床结果相关，而UCEC中的ALG13突变与更好的生存率相关(图1B)。此外，UGGT2突变的COAD患者对慢性炎症反应反应丰富，而ALG13突变的UCEC患者对cAMP的反应下调(图1C)。
3、CCLE药物敏感性分析显示，UGGT2突变的结肠癌细胞系对EGFR抑制剂耐药，ALG13突变的子宫内膜癌细胞系对帕比诺他和索拉非尼敏感（图1D）。
4、ALG1/2/11/14在各种癌细胞系的细胞存活中都是必不可少的(图1E)，在不同类型的癌症患者中发现了广泛的基因拷贝数变异(CNVs)(图1F）。
二、GTs和GT-通路相互作用的表达特征
1、GTs在不同癌症类型中的表达，其中3种GTs在16种癌症类型中表现出一致的表达改变，包括ALG3上调，B3GALT2和ST6GALNAC3下调(图2A-B)
2、对这三种GTs基因进行功能分析发现，在不同癌症类型的生物学功能上有很强的相似性，例如，降低GYS2的表达传达不良预后LIHC(图2C-D)。
3、构建泛癌GT基因的相互作用通路发现，如免疫反应等类似的功能得到了丰富，这表明GTs和相互作用蛋白之间的交互作用协同促进了癌症的生物学改变。（图2E-G）
三、鉴定MFNG和CD8+T细胞之间的关联
1、进一步分析GTs与肿瘤微环境(TME)的相关性。与其他GTs相比，MFNG与活化的CD8+T细胞显著正相关，尤其是在LUAD和SKCM中，而在LUAD和SKCM中，MFNG的高表达确实具有更好的预后(图3A-D)。
2、.对于接受PD-1阻断治疗的黑色素瘤患者，6例MFNG升高也表明了令人满意的预后(图3E)。此外，根据两个单细胞RNA测序数据集发现MFNG主要在CX3CR1+细胞毒性T细胞中表达，提示MFNG可能在维持CD8+T细胞这一亚群的功能方面至关重要(图3F和G)。
四、 LIHC中GALNT4、MGAT5和UGGT2的鉴定和验证
1、GTs与LIHC的增殖相关活性显著相关。基于GTs表达谱的无监督共识聚类可以识别出两个LIHC患者的聚类，它们表现出不同的临床结果和TME特征。进一步分析了10个导致患者预后不同的GTs。其中，3种GTs(GALNT4、MGAT5和UGGT2)在蛋白水平上表现出预后相关性(图4A-F)。
2、这三种GTs在增殖亚型中均有高表达(图4G)。因此，对这三种GTs进行进一步的组织芯片(TMA)验证和基于细胞的检测，其总生存期确实短于低表达的患者(图4H和I)。
研究总结：
本文基于TCGA数据、CCLE数据、单细胞RNA测序数据集和蛋白质基因组数据对GTs相关基因进行相关泛癌，检测了其在不同癌症类型种的表达及遗传学特征，分析了其相互作用通路的表达特征，进一步分析了其与免疫的相关行，并对异常表达的GTs进行鉴定，验证了其重要的生物学意义。本文为通过靶向特异性糖基化为诊断或治疗癌症提供重要线索。
网友评论