本文是一篇Correspondence文章
"Correspondence" 文章通常指的是一种研究论文类型，专门用于回应先前发表的文章、提出观点或评论。这类文章通常包括对作者之间的交流、问题的讨论、数据的修正或者进一步的分析等内容。"Correspondence" 文章有时也被称为“通信”、“评论”或者“快讯”等，它们为科学界提供了一个平台，让研究人员能够就某个主题进行深入讨论和交流。
这些文章往往不同于原始研究论文，而更侧重于对特定问题的观点、见解或补充信息的阐述。它们可以帮助读者更好地理解先前发表的文章，纠正错误或提出新颖的想法。通常，"Correspondence" 文章在SCI等学术数据库中会另外列出或分类，以便读者更容易找到这些与先前研究相关的讨论性质的文章。
研究概述：
透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾癌最常见的组织学亚型，主要起源于肾脏的近端小管（PT）细胞。然而，目前对其相关分子机制的研究仍然相对有限。作者分析了从各种研究团队获得的多个单细胞多组学数据集，揭示了激活蛋白1（AP-1）在ccRCC肿瘤发生中的重要作用。转录因子（TF）的基序活性分析显示，与PT细胞相比，CCRCC癌细胞中AP-1的激活占主导地位。此外，在单细胞分辨率下的发现显示，与ccRCC癌细胞相比，PT细胞中明显没有AP-1的表达。在发现队列的bulk-RNA测序中，在正常肾脏和ccRCC样本中没有检测到AP-1的差异表达，这可能归因于bulk-RNA测序中的混杂效应。与此同时，空间转录组学分析表明，与ccRCC标记CA9相比，AP-1的表达范围更广。AP-1在包括PT细胞在内的各种细胞类型中的染色质可及性，这表明AP-1在PT细胞中的转录表达可能会受到后续转录修饰的影响，这反映了AP-1转录的复杂调节机制。
AP-1在ccRCC肿瘤发生中的关键作用
作者收集了包括三个ccRCC肿瘤样本和五个正常肾脏样本在内的scATAC数据作为发现队列，将这些细胞分为14个不同的cluster，评估标记的基因活性。
通过分析ccRCC癌细胞和PT细胞之间的差异TFs-motif活性，在前22种差异活性转录因子中，有21个属于AP-1转录因子家族（图1A），这些差异活性AP-1转录因子家族主要包括来自FOS和JUN家族的单个AP-1蛋白质，以及它们形成的二聚体。这一发现凸显了与PT细胞相比，ccRCC癌细胞中AP-1转录因子家族的显性激活。作者采用了TFs足迹分析，该分析揭示了与PT细胞相比，ccRCC癌细胞中AP-1转录因子家族与DNA的强大结合亲和力。作者使用由18个ccRCC肿瘤样本组成的大规模scATAC数据集进行了验证队列分析。
揭开AP-1的面纱
在之前利用scATAC数据的分析中，作者发现ccRCC癌细胞和PT细胞之间AP-1的基序活性存在显著差异。作者收集了包括三个ccRCC肿瘤样本和三个正常肾脏样本的scRNA数据，以调查ccRCC在转录组水平的分子特征。经过严格的质量控制，保留了50,604个细胞以供后续分析。然后，根据既定的分子标记将这些细胞分为16个亚组。
观察到PT细胞中FOS家族的c-FOS、FOSB和FOSL2基因表达缺失，以及JUN家族的c-JUN、JUNB和JUND基因的缺失。相比之下，ccRCC癌细胞表现出这些基因的强大表达（图2A）。与此同时，除了ccRCC癌细胞外，这些基因也以各种细胞类型表达，包括免疫细胞和基质细胞（图2A）。关于AP-1家族中的其他基因，特别是那些属于ATF和Maf家族的基因，其中大多数在任何类型的ccRCC细胞中都没有表现出任何表达。然而，ATF3、ATF4、MAF和MAFF被发现在某些细胞类型中表达，并且与ccRCC癌细胞中的PT相比表现出明显更高的表达水平。在比较ccRCC和正常肾脏样本时，FOS和JUN家族的基因表达在统计学上没有显著差异（图2B）。除了FOSL1表现出低表达且与ccRCC预后不良的相关性外，FOS和JUN家族中的其他基因要么表现出良好的预后，要么对生存没有显著影响（图2C）。
作者扩大了调查范围，与ccRCC标记CA9相比，FOS和JUN家族基因表现出更广泛的表达范围。作者还利用scATAC数据来评估与JUN和FOS家族相关的基因的染色质可及性。JUN和FOS家族基因在PT细胞中表现出一定程度的染色质可及性。
研究总结：本研究中，作者采用了单细胞多组学分析，以初步了解与PT细胞相比，AP-1在ccRCC癌细胞中的显著激活。这一发现强调了AP-1在ccRCC肿瘤发生中的关键作用。此外，在单细胞水平上检测到的PT细胞中缺乏AP-1表达。作者对与AP-1相关的染色质可及性的调查表明，AP-1在PT细胞中的转录表达可能会受到随后的转录修改，这突显了管理AP-1转录的复杂调节机制。这些发现为更深入地理解ccRCC中AP-1的功能和调节机制提供了宝贵的见解，从而为未来的临床研究和治疗策略的制定奠定了理论基础。
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