线粒体基因组NCBI上传
今天小编给大家分享的是NCBI叶绿体基因组的上传步骤示例，大家有兴趣可以瞅瞅 。
准备工作
- 登录NCBI官网：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/， 依次点击：
“sign in to NCBI”
image.png
“See more 3rd party sign in options”
image.png
选择你登录的方式，小编使用的是“Microsoft live.com”
image.png
-
登录账户：输入邮箱账号，点击“下一步”，稍后输入密码。
image.png
3.点击上传数据：
点击“submit”
image.png
点击“GenBank”目录下中间的“submit”
image.png
点击“start Banklt Submission”，开始上传
image.png
上传步骤
上传任务概览，完成这几个部分的信息填写，即可上传成功！！
image.png
01 Contact
填写联系人的相关信息，包括姓名 、学校 、学院、地址 、城市、所在地区/省份、 邮编以及邮箱等。
image.png
02 Refrence
填写提供序列的作者姓名。
image.png
03 Sequencing Technology
请根据实际情况依次填写以下信息：（以下仅作示例展示）
测序平台、组装情况、组装软件、版本、样本名、覆盖率，填写完成点击“continue”；
image.png
04 Nucleotide
请根据实际情况依次填写以下信息：（以下仅作示例展示）
- 选择序列发表的时间.
最上面的是写数据释放时期，可以选择立即释放，如果自己选择释放日期的话，那就至少六个月以后。2) Molecule Type，分子类型：这里选择“genomic DNA”。 - Topology，拓扑结构：这里选择“circle”。
- 是否提交完整的细胞器基因组序列：因为我们提交的是线粒体，所以这里选择“Yes”。
-
上传序列文件：fasta文件（上一步选择“Yes”则需上传）。需要在fasta 文件中的第一行加上拉丁文的物种名。
格式如下：Seq1 [organism=genus species] （注意名称后面有一个空格）
填写完毕，继续进行下一步，点击“continue”。
image.png
image.png
fasta 文 件 格 式 示 例
image.png
***注意：如果不知道物种的拉丁文名称，可以按以下方式查找：
①登录此网站https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/，查询物种的拉丁名；
②点击“Nucleotide BLAST”；
image.png
③在图中标红的方框内输入部分序列，点击“BLAST”；
image.png
④选择相似度最高的物种，如100%相似度，即可得到此物种的拉丁文名称。
image.png
05 Submission Category
选择投稿的类别，这里选择“Original”，点击进行下一步.
image.png
06 SourceModifiers
请根据实际情况填写（以下仅作示例展示）
- 选择源细胞器/位置信息：这里选“mitochondrion”
- Source modifier 填的是“country”
-
Value 填“china”
填完点击“continue”继续下一步。
image.png
07 Feartures
这里需要上传tbl文件，需将gbf文件转为tbl文件。
-
点击“选择文件”按钮选择tbl文件，点击“Uplode File”上传。
image.png
***注意：如何将gbk文件转换成tbl文件？
①使用在线转换工具，登录网站：
https://chlorobox.mpimp-golm.mpg.de/GenBank2Sequin.html
②上传线绿体的注释文件，填写以下信息：
Organism：物种的拉丁名
Molecule Type ：genomic DNA
Circle
Genetic Code：Standard
Location：genomic
image.png
③下载.tbl文件
image.png
2)该页面的下半部分有一个“continue”按钮，需要拖动鼠标往下找，点击此按钮进行下一步。
image.png
08 Review and Correct
最后一步啦，就是查看检验你填的信息有没有问题，有问题的话还可以修改，确认无误之后，最后点击“Finish submission”提交，最后结果等邮件通知行了。
image.png
如果你想查看你提交的记录和相关文件，重新登录提交页面，进去之后你就可以看到了。
image.png
完整的线粒体基因组NCBI上传就介绍完毕了，希望对您有所帮助！！！
网友评论