转录组学习之环境配置

转录组软件安装

一、软件安装对于新手来说绝对是一个大坑，各种报错，幸好已经有很多牛人给探好路了，按照他们的方法基本可以排除各种问题。

http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=856#lastpost

二、自动化安装软件conda：

（1）在官网找到安装包：在linux下执行如下代码：

1. wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh

2. # curl:https://www.continuum.io/downloads

#正常情况下会自动添加到环境变量里的，如果错过，可以如3,4手动添加。

3. vi ~/.bashrc

4. export PATH="/home/bigbear/anaconda3/bin:$PATH"

5. source ~/.bashrc

（2）Conda安装好以后，利用conda list查看已经安装软件;一些生物信息软件并不在conda的安装频道里，比如：conda install bwa无法安装bwa这个软件，这时我们需要配置一下频道：

1. conda config --add channels conda-forge

2. conda config --add channels defaults

3. conda config --add channels r

4. conda config --add channels bioconda

查看已经添加的channels：

conda config --get channels

conda update软件名可以对软件进行升级:eg.conda update bwa

conda remove卸载已经安装的软件

安装软件，如下：

conda install -c bioconda samtools=1.5

conda install -c bioconda htseq=0.7.2

conda install -c bioconda hisat2=2.1.0

conda install -c bioconda fastqc=0.11.5

conda install-c jfear sratoolkit=2.8.1

#等号后面是软件版本，可以不添加，conda自动识别最新版本安装。

参考链接：1：http://www.bio-info-club.com/?p=207