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FASTQ with Emoji = FASTQE 🤔

表情版的FASTQC，适用于Illumina 1.8+/Sanger format

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使用

安装 使用conda 或者pip

$ pip install fastqe

$ conda install -c bioconda fastqe

测试数据下载

$ wget https://zenodo.org/record/3977236/files/female_oral2.fastq-4143.gz

默认是给出平均值，计算fastq文件中的序列最大值和最小值，需要加参数--max,--min

$ fastqe female_oral2.fastq-4143.gz --max --min

输出
[图片上传失败...(image-a004b-1642129204222)]

我们知道fastq文件中质量值以ASCII字符来表示，fastqe 运行时，加上--scale参数，会给出每个表情对应的ascii字符。

#scale for fastqe
#  0 ! 🚫
#  1 " ❌
#  2 # 👺
#  3 $ 💔
#  4 % 🙅
#  5 & 👾
#  6 ' 👿
#  7 ( 💀
#  8 ) 👻
#  9 * 🙈
#  10 + 🙉
#  11 , 🙊
#  12 - 🐵
#  13 . 😿
#  14 / 😾
#  15 0 🙀
#  16 1 💣
#  17 2 🔥
#  18 3 😡
#  19 4 💩
#  20 5 ⚠️
#  21 6 😀
#  22 7 😅
#  23 8 😏
#  24 9 😊
#  25 : 😙
#  26 ; 😗
#  27 < 😚
#  28 = 😃
#  29 > 😘
#  30 ? 😆
#  31 @ 😄
#  32 A 😋
#  33 B ☺️
#  34 C 😝
#  35 D 😛
#  36 E 😜
#  37 F 😉
#  38 G 😁
#  39 H 😄
#  40 I 😎
#  41 J 😍

若我们只是简单关心下序列质量好坏程度得一个范围，我么可以用--bin参数。它将一个范围内的质量值以一个表情来表示

$ fastqe female_oral2.fastq-4143.gz --min --max --scale --bin
#scale for fastqe
#  0 ! 🚫
#  1 " 🚫
#  2 # 💀
#  3 $ 💀
#  4 % 💀
#  5 & 💀
#  6 ' 💀
#  7 ( 💀
#  8 ) 💀
#  9 * 💀
#  10 + 💩
#  11 , 💩
#  12 - 💩
#  13 . 💩
#  14 / 💩
#  15 0 💩
#  16 1 💩
#  17 2 💩
#  18 3 💩
#  19 4 💩
#  20 5 ⚠️
#  21 6 ⚠️
#  22 7 ⚠️
#  23 8 ⚠️
#  24 9 ⚠️
#  25 : 😄
#  26 ; 😄
#  27 < 😄
#  28 = 😄
#  29 > 😄
#  30 ? 😆
#  31 @ 😆
#  32 A 😆
#  33 B 😆
#  34 C 😆
#  35 D 😎
#  36 E 😎
#  37 F 😎
#  38 G 😎
#  39 H 😎
#  40 I 😍
#  41 J 😍

[图片上传失败...(image-ba505c-1642129204222)]
看，平均值，序列数据有一半是警告或者狗屎。。。

biomojify

将你的序列数据以Emoji来展示，

安装也是pip

$ pip install biomojify

将DNA ATCG序列 转为 🥑🍅🌽🍇:

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fastq数据也可以转

$ zcat female_oral2.fastq-4143.gz | head -n 4 > test.fq

[图片上传失败...(image-bead3b-1642129204222)]

查看其帮助文档, 蛋白质序列，vcf也可以转

$ biomojify -h
usage: biomojify [-h] [--version] [--log LOG_FILE] {fasta,fasta_protein,fastq,vcf} ...

Read one or more FASTA or FASTQ files, and convert them to emoji.😀

positional arguments:
  {fasta,fasta_protein,fastq,vcf}
                        sub-command help
    fasta               fasta --help
    fasta_protein       fasta_protein --help
    fastq               fastq --help
    vcf                 vcf --help

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --version             show program's version number and exit
  --log LOG_FILE        record program progress in LOG_FILE

参考

https://github.com/fastqe/biomojify
https://fastqe.com/