随着末代皇帝溥仪的退位，清朝的统治正式宣告结束，但后来由谁执掌国家，各路军阀都有自己心里的算盘，武昌起义后建立的中华民国，由于革命党势力单薄，手头有没有太多的兵力，只能和兵多将广，实力雄厚的袁世凯议和，为了稳住袁世凯，孙中山也是将中华民国大总统的位置拱手相让，1912年3月10日，袁世凯就任中华民国临时大总统。
段祺瑞在逼迫溥仪退位时功不可没，作为袁世凯的心腹，也的到袁世凯的赏识，他被任命为陆军总长，并组建了第一届内阁，袁世凯是军阀出身，对于既得利益当然不会拱手相让，更为残忍的是他对革命党展开了血腥的报复，而段祺瑞作为其心腹，更是暗地里杀死了很多革命党人，其中最大的对武昌起义的领袖之一的张振武的迫害就是段祺瑞帮助策划的。
当时革命党内部极度愤怒，参议院对段祺瑞进行弹劾，可段祺瑞竟面不改色，驳斥了对他的弹劾，因为没有足够多的证据，参议院也拿他没办法，9月7日，袁世凯又授予段祺瑞陆军上将一职，是对他行为的肯定。这使得段祺瑞及其部下更加猖獗。而这也正是袁世凯想要的，铲除革命党，自己一家独占大权。
1913年3月20日，又一位革命党重要领袖遇刺，宋教仁作为国名党三大元首之一遇刺的消息，举世哗然，两天后宋教仁不治身亡，这使得本来就很愤怒的革命党直接爆发，孙中山号召革命党人讨伐袁世凯，这次事件也称为“二次革命”，面对革命党的攻势，袁世凯命令段祺瑞镇压，本来势单力薄的革命党难敌段祺瑞的强军，不幸惜败，孙中山等人逃往日本避难，而革命党的势力也大为削弱，只有广西、云南、四川、贵州四省，其他全被北洋军占领。
1915年，日本提出了《二十一条》，目的是完全毁灭中国，中国上下一致反对签订条约，段祺瑞和冯国璋也在反对之列，袁世凯也是出于舆论的讨伐之下，举步维艰，这种卖国条约，于谁都是一道难题，一方面是日本人的威逼利诱，一方面是国人愤怒的爱国运动，作为统治者两方面都不好惹，但又不得不做出选择，袁世凯开会议事，段祺瑞强烈要求举全国之兵，给日本军事打击，可最后袁世凯都未采纳，签订了卖国条约。
得到消息的段祺瑞心灰意冷，果断称病辞职，袁世凯也是一点都不挽回，第二天就任命王士珍为陆军代理总长，随着袁世凯权力的膨胀，他称帝的野心也日渐明显，段祺瑞对他的行为极为不满，愤然离开北京，在西山隐居了起来，打算不问世事，8月28日，袁世凯正式免去了段祺瑞的职务，1915年，12月11日，袁世凯正式称帝。
举国上下一片声讨，袁世凯却坐着皇帝的龙椅，不为所动，12月底，他封赏群臣，总共封赏公、侯128人，而段祺瑞并不在名单之内，想来段祺瑞在袁世凯手下也算是在忠心耿耿，一路帮他夺权，逼清帝退位，又击败革命党人的反击，就算有过，也理应得到封赏。可袁世凯似乎已经遗忘了这位曾经的心腹。
当了83天皇帝的袁世凯终于在人民口诛笔伐下下台，段祺瑞愤恨的说这是历史的倒退，绝不和袁世凯同流合污。1916年，3月22日，袁世凯宣布取消帝制，恢复内阁制，也请段祺瑞出山做国务总理。由于袁世凯称帝一事，两人已经不合，此后袁世凯对段祺瑞处处提防，段祺瑞对他更加怨恨，6月6日，袁世凯忧愤而死，黎元洪继任大总统。这段历史也称为段祺瑞“二造共和”。
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