菌肥是微生物肥料的俗称，它是一种带活菌体的辅助性肥料。菌肥的主要作用，是由活菌决定的（活菌通过自己的活动，分解土壤里的营养物质变成植物可以吸收的养分，分泌一些对植物生长有用的物质，也有有效菌死去之后留下的物质）。
植物无机态的营养就是一些离子，化肥溶于水由分子态变成离子态，植物好吸收，因为它带电荷，利于植物吸附。有机态的营养是好多原子在一起组成的大分子，不太容易被吸收，菌肥的作用是把有机态的氮磷钾变成无机态的，利于植物吸收。
菌肥对土壤的作用
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一、增加土壤中的氮元素
增加氮元素的菌有三种（根瘤菌、自生固氮菌、联合固氮菌），就是把空气中的氮元素合成植物能吸收的那种。
（1）根瘤菌，侵入到植物的根里，在根部定植，帮助植物固氮，但是同时也需要植物提供一些营养，让自己活着。
这些菌一般豆科植物上比较多，专一性比较强比如大豆根瘤菌、花生根瘤菌。
含有根瘤菌的菌剂可以登记为根瘤菌菌剂，如果是含有下面这两种，一般会登记为固氮菌菌剂。
（2）自生固氮菌，在土壤中生活，不需要植物提供营养，自己养自己的自生固氮菌，它们产生的含氮的这种营养需要等他们死掉之后才会释放出来。所以这种菌要提前施，可能15-20天，才能看到效果。
（3）联合固氮菌，只在根表或皮层内生活，但是不需要植物提供营养，也可以在土壤中存活，但是活性比较低。喜欢和禾本科（水稻、甘蔗、高粱）植物在一起。
菌肥跟有机肥比较像，需要1-2年连续用效果才会好。
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二、增加土壤中的有效磷含量
能增加有效磷含量的是磷细菌。菌肥中的细菌可以通过分泌酸和酶，把难溶性的磷元素（无机磷化合物）变成可溶性的，把有机态的磷变成无机态的P2O5。
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三、增加土壤中的有效钾含量
能增加有效钾含量的是钾细菌，也叫硅酸盐细菌。菌肥中的细菌可以通过分泌酸，溶解硅铝酸盐类矿物，释放钾素营养，这些营养能供给植物也能给自己用，当细菌死后，体内富含的钾会释放出来，产生的激素、氨基酸会促进植物生长，抑制其他病原菌生长。
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