R语言ggplot2画四方形的热图展示相关系数的简单小例子

R语言里画热图通常会使用pheatmap这个包。如果想使用ggplot2这个包画热图的话需要借助geom_tile()这个函数。今天的内容就以相关系数的数据为例介绍一下ggplot2画热图的一个简单小例子。

第一步是做相关性分析，获得相关系数

R语言里做相关性分析需要准备的数据格式如下：每行是一个样本，每列是一个变量，存储到excel中，然后另存为csv格式数据

image.png

需要示例数据的可以直接在文末留言

首先是读入数据

df<-read.csv("example_data/cor_plot_example.csv",
             header=T,
             row.names = 1)
df

相关性分析

直接用cor()函数获得相关系数矩阵

cordf<-cor(df)
cordf

相关系数矩阵是宽格式的数据，ggplot2作图通常是长格式数据，把宽格式变成长格式直接使用reshape2包中的melt()函数就可以了

plotdf<-reshape2::melt(cordf)
plotdf

接下来就是用ggplot2画图了

最基本的热图

library(ggplot2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))

image.png

更改配色

ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")

image.png

将相关系数的数值作为文字标签

ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
  geom_text(aes(label=value))

image.png

相关系数的小数位数太多，我们只保留两位

plotdf$value<-round(plotdf$value,2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
  geom_text(aes(label=value))

image.png

这样最基本的热图就做好了，接下来是简单的美化

包括去掉灰色背景，去掉坐标轴的标题和小短线

ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
  geom_text(aes(label=value))+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank())

image.png

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