DNA Sequence Evolution
对于系统发育的计算，有许多软件涉及不同的算法（NJ，MP，ML，Bayes-mcmc）。 最常用的软件包是PAUP，MEGA，MrBayes，其中包含许多不同方法。
系统发育重建的方法主要在模拟研究中评估，基于进化的随机模型。
DNA进化模型，替代模型---DNA进化作为连续时间马尔可夫链：JC69模型（Jukes and Cantor，1969），K80模型（Kimura，1980），F81模型（Felsenstein 1981），HKY85模型（长谷川，岸野和矢野1985），GTR：广义时间可逆（Tavaré 1986）。
全基因组系统发育学
基因组重排具有巨大的状态空间----从遗传漂移到基因组漂移
重复、插入和缺失（改变基因含量）、裂变和融合
DNA序列：每个位点4个不同的排列方式。
分子进化涉及到的是DNA、RNA和氨基酸序列的变化过程，以此来验证某些群体遗传过程是否作用到这些序列上。比如判断某些DNA的多态性是受到遗传漂变的作用，还是受到了自然选择的作用。
不同的基因序列受到功能的限制和自然选择的作用，其进化速率可能存在差异。
不同物种的进化
对于某个基因而言，其分化程度和时间成线性关系，但是由于基因功能的不同，它们的进化速率也存在着差异。
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