1 环境变量

以之前安装好的bowtie2为例：

方法一：
首先赋值：
bowtie2=/home/kaoku/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/bowtie2
使用的时候：
$bowtie2

方法二：
使用alias，别名，类似快捷方式：
alias bowtie2='/home/kaoku/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/bowtie2'
使用的时候：不需要加$
bowtie2

方法三：（推荐）
环境变量
$ echo $PATH
/root/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin

$ export PATH="$PATH:/home/kaoku/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64/"
相当于把整个bowtie2文件夹添加到环境变量中

当然，这些都是一次性操作，想要永久的话需要写入bashrc文件
cat ~/.bashrc
追加：
cat >> ~/.bashrc PS1="...."
source ~/.bashrc （永久生效）

进一步查看bowtie2目录：

root 09:40:19 /home/kaoku/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.5-linux-x86_64
$ tree -h
├── [4.0K]  example
│   ├── [4.0K]  index
│   │   ├── [4.0M]  lambda_virus.1.bt2
│   │   ├── [1.5K]  lambda_virus.2.bt2
│   │   ├── [  17]  lambda_virus.3.bt2
│   │   ├── [ 12K]  lambda_virus.4.bt2
│   │   ├── [4.0M]  lambda_virus.rev.1.bt2
│   │   └── [1.5K]  lambda_virus.rev.2.bt2

可以看到一些示例文件。

$ less reads/longreads.fq
查看fq文件，四行

bowtie2软件用于比对序列，查看help
  bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --interleaved <i> | -b <bam>} [-S <sam>]

首先查看索引文件：
$ ls -lh index/
总用量 8.1M
-rw-r--r-- 1 root root 4.1M  1月 17 08:17 lambda_virus.1.bt2
-rw-r--r-- 1 root root 1.5K  1月 17 08:17 lambda_virus.2.bt2
-rw-r--r-- 1 root root   17  1月 17 08:17 lambda_virus.3.bt2
-rw-r--r-- 1 root root  12K  1月 17 08:17 lambda_virus.4.bt2
-rw-r--r-- 1 root root 4.1M  1月 17 08:17 lambda_virus.rev.1.bt2
-rw-r--r-- 1 root root 1.5K  1月 17 08:17 lambda_virus.rev.2.bt2

构建索引：
bowtie2-build .fa tmp

进行比对，并输出SAM文件
 ./bowtie2 -x tmp -1 example/reads/reads_1.fq -2 example/reads/reads_2.fq -S tmp.sa
-x比对，-1第一个需要比对的reads，后面是该reads的fastq文件，
-2第二个reads文件，比对完之后的数据以tmp.sam文件输出

2 编辑器

在开始后续的学习前，我想补充一下必要的编辑器内容。

启用：
vim file
随后进入编辑器

vim编辑器有两种操作模式：
普通模式
插入模式

刚打开文件时，vim编辑器进入普通模式。
按i进入插入模式，退出插入模式按Esc

普通模式还有一个特别的功能呢叫命令行模式
按:进入
其中：
:q 退出编辑器
:q! 取消修改并退出
:wq 保存修改并退出

其中，普通模式（一打开的模式）可以使用以下命令快速操作：

命令	描述
x	删除当前光标所在位置的字符
dd	（常用）删除当前光标所在行
dw	删除当前光标所在位置的单词
d$	删除当前光标所在位置至行尾的内容
J	删除当前光标所在行行尾的换行符（拼接行）
u	（常用）撤销前一编辑命令
a	（常用）在当前光标后追加数据
A	在当前光标所在行行尾追加数据
r char	用char替换当前光标所在位置的单个字符
R text	用text覆盖当前光标所在位置的数据，直到按下ESC键

补充：

在vim编辑器的普通模式下使用退格键（Backspace键）和删除键（Delete键）时要留心。
vim编辑器通常会将删除键识别成x命令的功能，删除当前光标所在位置的字符。vim编辑器在普通模式下通常不识别退格键。

3 脚本入门

变量：echo $变量

参数：

脚本：
echo $1
运行：
$ bash tmp.sh p1
p1
$ bash tmp.sh p1 p2
p1

修改一下：
echo $2
运行：
$ bash tmp.sh p1 p2 p3
p2

要使用$12 变量的话，正确书写：${12}，$12会变成输出$1内容+字符串2。

通配符：

有file1~10
$ echo file1*
file1 file10

使用多个命令：

$ date;df
2022年 07月 18日 星期一 15:08:43 CST
文件系统            1K-块     已用      可用 已用% 挂载点
none              3904148        4   3904144    1% /mnt/wsl
drivers         104857596 48362312  56495284   47% /usr/lib/wsl/drivers
none              3904148        0   3904148    0% /usr/lib/wsl/lib
/dev/sdc       1055762868  5305900 996753496    1% /
none              3904148       28   3904120    1% /mnt/wslg

这个简单的脚本只用到了bash shell命令。date命令先运行，紧跟着df命令的输出。

创建shell脚本文件：

创建文件
$ touch test

进入编辑器
$ vim test

进入编辑模式
i

在第一行输入下面内容，#后面的惊叹号会告诉shell用哪个shell来运行脚本
#!/bin/bash

注释用#添加，如：
#!/bin/bash
# This script displays the date and df
date
df

按Esc退出编辑模式，:wq保存退出

尝试运行：
$ ./test
bash: ./test: 权限不够

查看权限：没有运行权限
$ ls -l test
-rw-r--r-- 1 root root 59  7月 18 15:53 test

赋予权限：
$ chmod u+x test

再次运行：
$ ./test
2022年 07月 18日 星期一 15:54:41 CST
文件系统            1K-块     已用      可用 已用% 挂载点
none              3904148        4   3904144    1% /mnt/wsl
drivers         104857596 48365256  56492340   47% /usr/lib/wsl/drivers
none              3904148        0   3904148    0% /usr/lib/wsl/lib

成功。

注意，要让bash shell找到脚本文件，可以先PATH环境变量来查找命令，然后采用以下两种方法：
1、将shell脚本文件所处的目录添加到PATH环境变量中。
2、在提示符中用绝对或相对文件路径来引用shell脚本文件。

本例子采用第二种方法。

可以将echo语句添加到shell脚本中任何需要显示额外信息的地方：

#!/bin/bash
# This script displays the date and df
echo The time and date are:
date
echo The df are as follow:
df

运行起来就会这样：
$ ./test
The time and date are:
2022年 07月 18日 星期一 16:04:28 CST
The df are as follow:
文件系统            1K-块     已用      可用 已用% 挂载点
none              3904148        4   3904144    1% /mnt/wsl
drivers         104857596 48369848  56487748   47% /usr/lib/wsl/drivers
none              3904148        0   3904148    0% /usr/lib/wsl/lib

如果想把字符串和命令输出在同一行的话，采用以下方法：
#!/bin/bash
# This script displays the date and df
echo -n " The time and date are: "
date
echo The df are as follow:
df

输出会这样：
$ ./test
 The time and date are: 2022年 07月 18日 星期一 16:06:44 CST
The df are as follow:
文件系统            1K-块     已用      可用 已用% 挂载点
none              3904148        4   3904144    1% /mnt/wsl
drivers         104857596 48371044  56486552   47% /usr/lib/wsl/drivers
none              3904148        0   3904148    0% /usr/lib/wsl/lib

输出重定向：

command > output

如：
$ date > test
$ cat test
.........

追加命令（而不是覆盖），采用>>追加
如：$ date >> test1

输入重定向：

将指定文件内容定向到命令
command < inputfile

下一篇的内容，我们将进一步系统学习shell脚本的结构化命令。

我们下篇再见！