cufflink脚本批量生成

转录分析流程

#!/bin/bash

set -e

set -o

for file1 in *_1.clean.fq.gz

do

#  echo $file1

file2=$(echo ${file1} | sed 's/_1.clean.fq.gz/_2.clean.fq.gz/')

name=$(echo ${file1} | sed 's/_1.clean.fq.gz//')

#!/bin/bash

#$ -cwd

#$ -S /bin/bash

#$ -j y

#$ -pe mpi 24

#$ -q all.q

echo "/PATH/to/hisat2-2.1.0/hisat2 -p 24 --dta-cufflinks -x  PATH/to/reference_index/*** -1 PATH/to/$file1 -2 PATH/to/$file2 -S /PATH/to/cufflinks/sam_file/$file1.sam

PATH/to/samtools sort -@ 10 -o PATH/to/cufflinks/sam_file/$file1.bam PATH/to/cufflinks/sam_file/$file1.sam

PATH/to/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64/cufflinks -p 24 -G PATH/to/***.gff3 -o /PATH/to/cufflinks/sam_file/$file1.assemble PATH/to/cufflinks/sam_file/$file1.bam" > $name.sh

done