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DoRothEA||推断单细胞的TF活性

DoRothEA||推断单细胞的TF活性

作者: 生信编程日常 | 来源:发表于2020-10-31 22:12 被阅读0次

DoRothEA是一种包含转录因子(TF)与其靶标相互作用的基因集资源。一个TF及其对应靶点的集合被定义为调节子(regulons)。DoRothEA regulons 收集了不同类型的证据,例如文献,ChIP-seq peaks,TF结合位点基序以及从基因表达推断相互作用等。

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DoRothEA regulon可以与几种统计方法结合使用,从而产生一种功能分析工具,以从基因表达数据推断TF活性。通过不考虑TF本身的基因表达,而是考虑其直接转录靶标的mRNA水平来计算活性。

安装以及代码实现:https://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/vignettes/dorothea/inst/doc/single_cell_vignette

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