仅适用于全国巡讲学员服务器。
conda镜像链接http://mirrors.ustc.edu.cn/help/anaconda.html
https://www.jianshu.com/p/369f6caae865
1.下载conda安装脚本
wget -c https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh
2.然后运行他
bash Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh
一直回车，到这里输入yes
注意后面有个文是否添加到环境变量要选yes,错过就重来
3.重新激活环境变量
source ~/.bashrc
4.输入conda--help，出现一大片文字（帮助文档）说明成功，出现一行报错说明挂了。
conda --help
成功是这样
如果失败了，要
rm - r miniconda2
bash Miniconda2-4.5.12-Linux-x86_64.sh
5. 添加镜像链接
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
查看是否添加成功：
cat ~/.condarc
成功的话显示结果如下：
6.新建conda环境
conda create -n rna python=2
#有提示就选y
安装出现的一大片文字，最后有几行提示比较有用,是在告诉你如何激活和退出环境
#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate rna
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
查看是否新建环境成功：
conda info --envs
#base /trainee2/vip66/miniconda2
#rna * /trainee2/vip66/miniconda2/envs/rna
#
列出了存在哪些环境，其中带星号的是当前所在的环境，base是大环境。
7.激活环境
⚠️⚠️注意安装软件前先激活环境！！！
conda activate rna
激活成功的标志是：命令行开头有个（rna），这里的rna指的是环境的名字
8.安装软件
需要安装的软件如下：
bwa
gatk4
sra-tools
fastqc
trim-galore
star
hisat2
bowtie2
subread
htseq
multiqc
samtools
运行：
conda activate rna
conda install -y bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore cutadapt star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools
在下载了，等着
安装完，提示了三个蛋
重点： 如何查看是否安装成功
检查的命令如下：
#1.检查sra-tools
prefetch --help
fastq-dump --help
#2.检查bwa
bwa
#3.检查gatk4
gatk
#注意：如果报错，需要安装gatk4
#4.检查fastqc
fastqc --help
#5.检查 trim_galore
trim_galore --help
#如果报错，运行#conda install -y trim_galore cutadapt
#6.检查star
STAR --help
#7.检查hisat2
hisat2 -h
# 等同于hisat2 --help
bowtie2 --help
#8.检查subread
featureCounts
#9.检查htseq
htseq-count --help
#10.检查multiqc
multiqc --help
#11.检查samtools
samtools
退出环境
conda deactivate
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