Molecular phylogenetics and the origins of placental mammals

2001 年发表在 Nature 上。第一作者为美国国家癌症研究所基因组多样性实验室的 W J Murphy。

研究者们希望解决哺乳动物早期分化历史的问题。对 64 个有胎盘哺乳动物（真兽亚纲）的 18 个同源基因的变异进行了研究，研究结果将它们分为四个 superordinal clade：Afrotheria（非洲兽总目，包括大象、海牛、蹄兔、马岛猬、土豚、象鼩等）、Xenarthra（贫齿总目，包括树懒、食蚁兽、犰狳等）、Glire（啮齿总目，包括啮齿目和兔形目，是灵长类、狐猴和树鼩的姐妹类群），剩下的目构成第四类（包括鲸类、偶蹄类、奇蹄类、食肉类、穿山甲、蝙蝠和核心食虫动物）。

Figure 1 Phylogenetic relationships among 64 placental mammals and two marsupials based on analysis of 9,779 bp from 15 nuclear and three mtDNA genes.

本研究的结果中，非洲兽总目首先分化出来，贫齿总目随后出现，另外两个大类最后出现。这是非常早期的研究了，并且仅基于少数的位点。随着测序技术的进步，研究手段也有了很大的进步，如今我们对哺乳动物早期分化历史有了不一样的认识。

现在的有胎盘类哺乳动物可以分为四大类：贫齿总目、非洲兽总目、灵长总目、劳亚兽总目。（2021年综述：Phylogenomics and the Genetic Architecture of the Placental Mammal Radiation）

Fig 1. Phylogenetic relationships and timescale among placental mammal orders based on a consensus of published studies.