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Homer3
Homer3是基于MATLAB运行的开源软件，用于fNIRS数据的分析。Homer3是成熟的HOMER2软件的延续，虽然Homer3的目标、功能和图形用户界面(GUI)类似于之前的应用程序，但同时它有几个方面的优化升级和特色：
①Homer3能够实现对组水平和被试水平的更明确、更复杂的分析。虽然HOMER2支持相应的分析，但其函数是内置于HOMER2的代码中，没有Homer3灵活，Homer3允许用户添加自己所需的算法。
②向处理流添加函数不需要修改Homer3的核心代码；但是在HOMER2中添加函数则需要修改内置代码。将用户函数集成到三个处理流中的一个，所需要做的就是将包含该函数的文件添加到Homer3文件夹FuncRegistry/UserFunctions中，并在文件中添加一个帮助部分，该帮助部分可以被Homer3 ProcStreamClass解析器正确地解析。
③能够读写SNIRF文件格式(见https://github.com/fNIRS/snirf)：一种用于存储和共享NIRS数据的通用文件格式，与任何特定于应用程序的文件格式(如Matlab)无关。HOMER2使用Matlab文件格式存储近红外数据。Homer3提供了SnirfClass，用于读写.snirf文件。此外，还提供了NirsClass，用于读取/写入HOMER2风格的.nirs文件，并将.nirs文件转换为等效的.snirf文件。Homer3允许其他格式的读取器/写入器很容易添加和导出为.snirf格式。目前，Homer3可以加载和转换的格式只有.nirs，未来可添加其他格式的转换。
④能够通过通道将采集文件中的数据细分成独立的数据block，然后进行单独的处理。通过点击相应的探测通道，可以查看不同数据block的HRF均值。
⑤Homer3不改变用于分析的原始文件，并明确地将数据分为来自原始数据文件和处理过的数据。所有处理过的数据都存储在一个单独的groupResults.mat文件中。这允许用户能够保留原始数据文件的完整性。
⑥更清晰、简洁的GUI界面。控件较少，并且这些控件按功能分组到面板中。
⑦Homer3的设计更加简单易懂，这使其修改、扩展和维护也更加容易。简单地说，Homer3应用程序由5个独立的GUI组成：MainGUI，StimEditGUI，PlotProbeGUI，ProcStreamEditGUI和ProcStreamOptionsGUI。这些GUI加载和操作应用程序的两个主要且独立的数据结构：DataTree和FuncRegistry。
Homer3下载网址：
https://github.com/BUNPC/Homer3/wiki/Download-and-Installation
HOMER2下载网址：
http://homer-fnirs.org/
AtlasViewer
AtlasViewer也是基于MATLAB运行的开源软件，可用于对Homer处理过的fNIRS数据进行可视化，它包含了多种空间配准工具，可提供一个通用的头部图谱来指导fNIRS结果的解释，同时也允许用户提供特定被试的头部解剖图来解释结果。这一软件有助于fNIRS研究结果的解释，关于该软件的教程可参见文章Anatomical guidance for functional near-infrared spectroscopy: AtlasViewer tutorial。DOI: 10.1117/1.NPh.2.2.020801
AtlasViewer下载网址：
https://github.com/BUNPC/AtlasViewer/wiki/Download-and-Installation
NIRS-KIT
NIRS-KIT是一个基于MATLAB的工具箱，用于任务态和静息态fNIRS数据分析，具有用户友好的GUI。该工具箱包含了整个数据分析流程，包括原始数据格式转换、数据质量检查和预览、预处理、个体水平分析、组水平统计和结果可视化。对于任务态fNIRS数据，基于GLM进行个体水平的分析，检测任务相关的神经激活。对于静息态fNIRS数据，可以计算个体水平的功能连接(FC)、ALFF/fALFF和脑网络指标。对于组水平的分析，NIRS-KIT提供了几种常用的参数模型和多重比较校正方法。NIRS-KIT提供了多种可视化功能，能够对统计结果进行可视化。(关于NIRS-KIT的使用可见往期推文手把手教你使用NIRS_KIT)
NIRS-KIT下载网址：
https://www.nitrc.org/frs/?group_id=1423
NIRS-SPM
NIRS-SPM是一个基于SPM和matlab的软件包，用于fNIRS信号的统计分析，该软件包由韩国生物成像信号处理(BISP)实验室开发。NIRS-SPM基于一般线性模型(GLM)和Sun’s tube公式/Lipschitz-Killing曲率(LKC)，不仅提供了氧合血红蛋白、脱氧血红蛋白和总血红蛋白的激活图谱，而且可以实现超分辨率的激活定位。(更多资料可见往期推文近红外干货 | NIRS_SPM单被试激活分析过程)
NIRS-SPM下载网址：
https://www.nitrc.org/frs/?group_id=621
nirsLAB
nirsLAB是NIRx自带的近红外分析软件。可用于测量数据，以及头皮和大脑地图统计结果的可视化。头部模型是通过加载相应的probeInfo文件来选择的。NIRSite工具已经发布，旨在提供一个用户友好的方式来指定NIRS源和探测器的排列，与NIRStar和Aurora fNIRS搭配使用。通过balloon-inflation算法将通道位置投影到皮层，这种方法具有较好的稳健性。对于由运动伪影引起的短时间饱和，可保存那些因伪影而被标记的坏通道。能够对组内选定被试的血流动力学反应进行平均，并提供了不同条件下可视化数据的选项，使组水平之间的比较更加简便。
nirsLAB下载网址：
https://www.nitrc.org/frs/?group_id=651
fNIRSOFT
fNIRSOFT (fS)是一个独立的软件包，通过图形用户界面或脚本(用于自动化)来处理、分析和可视化fNIRS信号。由美国Biopac公司创建，非开源。
相关网址：
https://www.biopac.com/product/fnirsoft-professional-edition/?attribute_pa_size=fnir-software-professional-edition
NIRS-Toolbox
NIRS-Toolbox是Huppert实验室(匹兹堡大学)创建的fNIRS数据分析工具箱。
NIRS-Toolbox下载网址：
https://bitbucket.org/huppertt/nirs-toolbox/downloads/
NIRSTORM
NIRSTORM是一个专门用于NIRS数据分析的BrainStorm插件。可实现NIRS数据的可视化、信号检测、提取刺激事件、标记坏通道、运动伪影校正、用改进的比尔-朗伯定律计算[Hb]变化、线性去趋势、无限脉冲响应滤波、窗口平均等过程。
NIRSTORM下载网址：
https://github.com/Nirstorm/nirstorm
相关网址：
https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Tutorials/NIRSFingerTapping
MNE-Python
MNE-Python提供了从几种文件格式读取fNIRS数据和optode位置的函数。无论设备制造商或文件格式如何，MNE-Python的fNIRS函数都能够以相同的方式在内部存储测量数据及其元数据。支持的测量类型包括振幅、光密度、氧合血红蛋白浓度和脱氧血红蛋白浓度(用于连续波fNIRS)，以及额外的AC振幅和相位(用于频域fNIRS)。
MNE-Python教程网址：
https://mne.tools/stable/auto_tutorials/io/30_reading_fnirs_data.ht
mlFC-NIRS
FC-NIRS是fNIRS数据的功能连接性分析工具，该软件包的功能包括近红外数据预处理、质量控制、FC计算和网络分析。
FC-NIRS下载网址：
https://www.nitrc.org/frs/?group_id=883
PHOEBE
PHOEBE也是基于MATLAB GUI的应用程序，可实时测量和显示fNIRS Optodes与被试头皮之间的光耦合。主要是帮助实验者以一种高效的方式优化fNIRS探头帽的信号质量。用于量化头皮-光电耦合的详细信息可参见文章：PHOEBE: a method for real time mapping of optodes-scalp coupling in functional near-infrared spectroscopy.
PHOEBE下载网址：
https://bitbucket.org/lpollonini/phoebe/downloads/
相关网址：
https://bitbucket.org/lpollonini/phoebe/wiki/Home
NIRS Analysis Package (NAP)
NAP基于Matlab的降噪和统计推断分析包，为NIRS的噪声特性量身定制。
相关网址：
https://www.lcneuro.org/software-and-instrumentation/
以上近红外工具包、软件包，有需要的小伙伴可在公众号后台回复“近红外工具包”获取。
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