1.上Genome Announcements网站找一篇细菌基因组文章，找到文章记载的SRA号
文章截图
现在用SRR9209163这个SRA号做基因组的组装
2.从SRA数据库上用prefetch下载该文件
SRA文件下载
3.Fastq-dump解压
Fastq-dump
- --gzip 可以输出gz格式，节省空间。
- --split-files 将双端测序分为两份，放在不同的文件。
4.Fastqc质控，去接头
-
用fastqc质量控制
fastqc
fastqc之后会生成HTML文件，打开之后观察结果：
Per base sequence quality_1
Per base sequence quality_2
-
用Trimmomatic去接头
刚开始用Trimmomatic去接头的时候，错将fastqc之后的压缩文件用于去接头，导致后面的步骤出错，之后检查时发现这一步虽然成功了，但截图显示Input Read Pairs中全是0%：
出错
修改之后再次尝试：
成功
5.Spades组装基因组草图
out of memory
这个时候又出错了，上网查询相关信息得知可能是没有设置允许的内存，也就是memory太小，才会显示out of memory。
memory limit
仔细观察之后发现默认的memory limit是1G，可能有点小了。
添加参数
这个时候加上-m参数（单位为G），我设置了5个G，这下应该够了。
添加参数
成功
6.Quast评价组装的基因组效果
quast
成功
quast之后生成报告文件report.txt和report.html
report.txt
Cumulative length
GC content
Nx
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