从rmsk提取序列进行mapping等

作者: 苏牧传媒 | 来源:发表于2018-12-24 20:56 被阅读16次

从rmsk提取序列进行mapping等
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1.下载rmsk：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/database/rmsk.txt.gz

2.head看：

name有的是相同的

3.看第13列的分类：

3.提取目的bed：

awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"}{if($13=="ERVL") print $6,$7,$8,$11":"$6":"$7,$10}' rmsk.txt > ERVL.fine.bed

4.提取fasta：

bedtools getfasta -fi /media/shen/6a524d78-97d1-481c-b068-8116a4d007f8/sun/refdata/gencode_GRCm38/GRCm38.chr.fa -bed ERVL.fine.bed -s -name | fold -w 80 > ERVL.fa

5.index:

hisat2-build -p 20 Alu.fa Alu

从rmsk提取序列进行mapping等
1.下载rmsk：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/d...
重复区域注释
1.UCSC上重复区域文件rmsk.txt.gz 将rmsk文件根据重复序列分类需求转换为bed文件：grep L...
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