OHIF-Viewer 系统搭建过程

作者: zhangyin | 来源:发表于2023-04-14 02:00 被阅读0次

    OHIF (Open Health Image Foundation)
    https://ohif.org

    重要

    本文只适合初级小白阅读(就是那种小白中的战斗机类型),内容很口水,稍微懂点的建议直接划走,不要浪费您宝贵时间试图在本文中找到什么有价值的信息,我写这篇文章的初衷也不是为了帮助小白科普,完全是为了给自己做备忘,毕竟已经开始老年痴呆,如果不记录下来,几天后就会全部忘光了。

    基本术语

    Study (研究)

    其实就是一次拍摄;

    Series(序列)

    本次拍摄中的多个片子(比如一个脑CT片子,假设要切100片,每片都是一张图片,这100片都在同一个series中)

    Instance(实例)

    一张具体的图片,就是上面说的那100片中的1片;

    DICOM 文件规范

    若有余力,可前往 https://www.dicomstandard.org/current/ 阅读DICOM规范,毕竟要开始做一个 dcm 文件阅读器来忽悠老板和客户了,多少需要了解一些相关的基础知识;

    OHIF Viewer

    基于cornerstone(JS) + React 前端框架构建,提供了功能完善的医学影像显示及阅读功能;OHIF-Viewer是开源系统。
    conerstoen 框架系统在整个世界来看也是排名最靠前的系统,而OHIFViewer是众多基于conerstone框架完美实现的前端案例之一;

    OHIFViewer支持多种查看影像文件的方式,影像文件的格式为 *.dcm,dcm文件保存在PACS系统或自建的云服务器中(例如阿里云的OSS对象存储等)

    方式1:

    OHIFViewer与PACS系统建立关联,然后就可以通过指定 Study Instance UID的方式查看影像,例如:

    http://localhost:3000/viewer/1.2.826.0.1.3680043.8.1055.1.20111102150758591.92402465.76095170

    在上面的URL中,viewer/ 后面的一大堆数字就是 Study Instance UID。

    方式2:

    使用DicomJson来描述dcm文件的信息(影像类型 、参数、文件路径等),DicomJson就是一个Json文件,可以保存在任何可以被网络访问到地方。
    OHIFViewer通过指定这个Json文件来查看影像,例如:

    http://localhost:3000/viewer/?url=https://ohif-dicom-json-example.s3.amazonaws.com/LIDC-IDRI-0001.json

    在上面的URL中,viewer/?url= 后面的内容就是这个json文件的网络地址;

    搭建PACS,并与OHIFViewer建立关联(方式1)

    在OHIF-Viewer 的官方文档中提供了2个PACS系统的搭建帮助,一个是Orthanc,一个是dcm4chee。详情参见官方文档:

    https://v3-docs.ohif.org/configuration/dataSources/dicom-web

    本文中列举的是dcm4chee,
    请打开下面的内容仔细阅读,并按照文档中的命令逐条执行,不要跳跃或乱序。
    https://github.com/dcm4che/dcm4chee-arc-light/wiki/Run-minimum-set-of-archive-services-on-a-single-host

    一共有7个步骤,前4个是关键步骤,以下仅做简要的摘抄,用于记录线索。

    Use Docker Command Line

    1. Create an user-defined bridge network
    $ docker network create dcm4chee_network
    
    1. Start OpenLDAP Server

    Launch a container providing the LDAP server into the created network, e.g:

    $ docker run --network=dcm4chee_network --name ldap \
               -p 389:389 \
               -v /var/local/dcm4chee-arc/ldap:/var/lib/openldap/openldap-data \
               -v /var/local/dcm4chee-arc/slapd.d:/etc/openldap/slapd.d \
               -d dcm4che/slapd-dcm4chee:2.6.3-29.2
    
    1. Start PostgreSQL Server

    Launch a container providing the database server into the created network, e.g:

    $ docker run --network=dcm4chee_network --name db \
               -p 5432:5432 \
               -e POSTGRES_DB=pacsdb \
               -e POSTGRES_USER=pacs \
               -e POSTGRES_PASSWORD=pacs \
               -v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \
               -v /etc/timezone:/etc/timezone:ro \
               -v /var/local/dcm4chee-arc/db:/var/lib/postgresql/data \
               -d dcm4che/postgres-dcm4chee:14.5-29
    
    1. Start Wildfly with deployed dcm4che Archive 5 application

    Launch a container providing Wildfly with deployed dcm4che Archive 5 application into the created network, e.g:

    $ docker run --network=dcm4chee_network --name arc \
               -p 8080:8080 \
               -p 8443:8443 \
               -p 9990:9990 \
               -p 9993:9993 \
               -p 11112:11112 \
               -p 2762:2762 \
               -p 2575:2575 \
               -p 12575:12575 \
               -e POSTGRES_DB=pacsdb \
               -e POSTGRES_USER=pacs \
               -e POSTGRES_PASSWORD=pacs \
               -e WILDFLY_WAIT_FOR="ldap:389 db:5432" \
               -v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \
               -v /etc/timezone:/etc/timezone:ro \
               -v /var/local/dcm4chee-arc/wildfly:/opt/wildfly/standalone \
               -d dcm4che/dcm4chee-arc-psql:5.29.2
    

    其他

    dwv 是另外一个脍炙人口的医学影像处理框架,也是基于JS的:
    https://ivmartel.github.io/dwv/doc/stable/tutorial-architecture.html

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