hisat2的使用

作者: 陈光辉_山东花生 | 来源:发表于2020-08-30 11:12 被阅读0次

hisat2的使用
hisat2使用
RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2
RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecount
RNAseq转录组分析流程：fastp+hisat2+samto
hisat2的使用, samtools
hisat2比对软件将reads比对到参考基因组
hisat2+featurecounts+DESeq2
Hisat2的使用说明
Ubuntu下如何下载Bowtie2并建立索引？

#gff2gtf
gffread my.gff3 -T -o my.gtf
#gtf2gff
gffread merged.gtf -o- > merged.gff3

利用hisat2 构建索引

extract_exons.py tabacco.gtf > tabacco.exons
extract_splice_sites.py tabacco.gtf > tabacco.ss
hisat2-build --exon tabacco.exons --ss tabacco.ss -p 6 tabacco.fasta tabacco

#带剪切位点数据建立索引非常耗内存，如果内存较小可以不加该数据
hisat2-build  -p 24 tabacco.fasta tabacco
#-p 线程数

hisat2的使用
利用hisat2 构建索引
hisat2使用
http://blog.biochen.com/archives/337 安装建立索引运行比对已经参数介绍
RNA-seq入门实战（二）：上游数据的比对计数——Hisat2
本节概览：hisat2 + featureCounts:获取hisat2索引文件，hisat2比对和samtool...
RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecount
hisat2 构建索引 hisat2 比对 hisat2 比对软件将 reads 比对到参考基因组[https:/...
RNAseq转录组分析流程：fastp+hisat2+samto
使用工具 fastp(质控), hisat2(比对), samtools(sam文件转bam文件), featur...
hisat2的使用, samtools
一、获得fastq文件参考：bam文件转换fastqPS: 我获得的公司汇报的数据是 .bam 格式的, 所以需要...
hisat2比对软件将reads比对到参考基因组
转载：https://www.bioanalyse.cn/2020/03/02/hisat2/ HISAT2是To...
hisat2+featurecounts+DESeq2
##从hisat2官网下载打包好的reference，然后比对## hisat2 -p 16 -x ../refe...
Hisat2的使用说明
一、比对原理原文：HISAT: a fast spliced aligner with low memory r...
Ubuntu下如何下载Bowtie2并建立索引？
一般对于DNA数据，比对软件一般使用：bowtie2、bwa 对于RNA数据，比对一般使用：hisat2、star...