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NCBI获取基因序列以及不同转录本序列

NCBI获取基因序列以及不同转录本序列

作者: 本木大 | 来源:发表于2019-09-26 14:53 被阅读0次

    前言:最近实验室要用northern-blot实验去检测miRNA的表达,对于多年没有设计过探针的我感到一丝恐慌,因为让人尴尬的是我把如何找一个基因表达的转录本也就是mRNA序列找出来这件事给彻底忘记了。不过还好,经过周围人的提醒和自己的摸索,已经可以在NCBI上自如的获取基因给mRNA序列了

    关键词:NCBI 基因  转录本  mRNA序列  探针(建议在查找实验之前先把概念理清楚)

    1 首先是打开NCBI官网,左上角选择框选择Gene,输入基因名字,比如GAPDH,点击Search;

    2 在检索结果中选择自己想要物种的基因,比如想要第一个人的GAPDH,就点击 ID编号为2579的GAPDH就可以;

    3 点击进去之后网站会展示这个基因的Full Report出来。从上到下依次有summary,genomic context等等,这里我们直奔主题,点开NCBI Reference Sequences相关内容;

    4 点开之后会看到如下内容,发现这个基因会有5个转录本(开头以NM的认为是确定的mRNA序列)点击NM_001256799.3;

    5 点击之后会出现如下的内容,有gene,exon,等等,基因的序列是固定的,不同的转录本可能会有不同的外显子区域组成,这里我们因为要以mRNA序列进行杂交实验,所以必须在外显子区域选择序列;

    值得注意的是,这里给出的序列中虽然是atcg四种碱基,但它指示的不是DNA序列,而是mRNA序列,如果要设计与RNA能够杂交的探针,直接截取一段(5‘-3’)放在peimer5引物设计软件中获取它的反向互补序列就行了。这个反向互补序列就是probe序列,可以直接在5‘端或者3’端加修饰发送给生物公司合成了。

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