将reads映射到参考基因组 HISAT2安装

一旦我们对数据质量感到满意，我们就可以开始分析数据了。通常，进入分析的第一步需要将RNA-seq读取映射到基因组。我们可以使用许多工具来执行短读对齐，应该根据分析目标和需求仔细选择。对于RNAseq基因表达分析来说，HISAT2是一种非常快速的工具，在已发表的基准测试中具有良好的性能。

首先是下载最新版本的hisat2,网址：http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/

# cd   进入下载目录

# unzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zip

# pwd    #查看下载的位置

由于是二进制的可执行文件，所以不用编译，直接加入环境变量

 # export PATH=/root/hisat2-2.2.1:$PATH

然后 查看运行情况

# hisat2-build --help

此时可能会提示错误

hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by hisat2-build)

hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by hisat2-build)

hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by hisat2-build)

就是说版本低了，要升级相关文件的版本

要不降低版本，要不用最新的，

cd /usr/local/lib64

# 下载最新版本的libstdc.so_.6.0.26

sudo wget http://www.vuln.cn/wp-content/uploads/2019/08/libstdc.so_.6.0.26.zip

unzip libstdc.so_.6.0.26.zip

# 将下载的最新版本拷贝到 /usr/lib64

cp libstdc++.so.6.0.26 /usr/lib64

cd  /usr/lib64

# 查看 /usr/lib64下libstdc++.so.6链接的版本

ls -l | grep libstdc++

libstdc++.so.6 ->libstdc++.so.6.0.19  #这个一定要反复检查

# 删除/usr/lib64原来的软连接libstdc++.so.6，删除之前先备份一份

sudo rm libstdc++.so.6

# 链接新的版本

sudo ln -s libstdc++.so.6.0.26 libstdc++.so.6

# 查看新版本，成功

ls -l | grep libstdc++

然后执行

hisat2-build --help  #成功了