学习小组DAY3笔记-HOO

今天主要学习了Linux操作系统下的软件安装，使用的软件管理器为miniconda，按照流程一步步操作下来比较顺利，中途有几个小问题卡壳了一会儿，在此梳理一下整个流程用到的代码以及需要注意的事项。

安装miniconda流程及代码

• 查看服务器的位数
  uname -a
• 进入清华conda镜像网站
  conda镜像网站
• 找到对应位数的最新版本
  即为Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 右键复制下载链接
• 进入biosoft目录
  cd biosoft
• 保存miniconda软件
  运行wget命令，后面粘贴上之前复制的下载链接
  （注意：在Linux系统里，鼠标右键为粘贴）
• 安装miniconda
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  安装成功
• 激活miniconda
  source ~/.bashrc
• 添加镜像
  全部复制下面的代码到命令行，粘贴、回车
  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

开始使用miniconda

• 查看当前所有软件列表
  conda list
• 搜索软件
  conda search fastqc（此处fastqc可替换为其他软件名）
• 安装软件
  conda install fastqc -y（-y代表自动安装）
• 卸载软件
  conda remove fastqc -y

conda 环境

• 查看当前conda有哪些环境
  conda info --envs(前面带有星号的就是默认环境)
• 建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  (以处理转录组数据为例，同时安装软件 fastqc、trimmomatic）
• 激活新的conda环境
  conda activate rna-seq