本地blast

建库

makeblastdb -in ./amur_ide/mRNA_coreset.fasta -dbtype nucl -out mrna_blast
----------------------------------------------------------------------------
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out dbname

-in：待格式化的序列文件
-dbtype：数据库类型，prot或nucl
-out：数据库名

比对

blastn -query ./amur_ide/danio_rerio_ca15.fasta -out seq.blast -db ./mrna_blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
------------------------------------------------------------------------------------
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4

-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_threads：线程数
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应之前BLAST的m8格式,结果中从左到右每一列的意义分别是：

Query_id    Subject_id   %_identity alignment_length   mismatches   gap_openings  q.start  q.end   s.start   s.end   e-value  bit_score
AKS24976.1  ABU86350.1  25.446  224 149 9   713 931 2   212 3.23e-05    38.1
AKS24976.1  ABU86150.1  38.596  57  34  1   599 655 16  71  8.09e-05    36.6
AKS24976.1  ABU86161.1  38.667  75  42  2   578 652 14  84  9.06e-05    37.0
AKS24976.1  ABU86160.1  38.667  75  42  2   578 652 14  84  9.06e-05    37.0
AKS24976.1  ABU86162.1  38.667  75  42  2   578 652 14  84  9.31e-05    37.0
AKS24976.1  ABU86154.1  38.596  57  34  1   599 655 16  71  9.70e-05    36.6
AKS24976.1  ABU86152.1  38.596  57  34  1   599 655 16  71  9.70e-05    36.6
AKS24976.1  ABU86329.1  39.130  69  38  2   599 664 83  150 2.51e-04    34.7
AKS24976.1  ABU86326.1  39.130  69  38  2   599 664 83  150 2.51e-04    34.7
AKS24976.1  ABU86325.1  39.130  69  38  2   599 664 83  150 2.51e-04    34.7