丁香园“花脱”答主：
Original Tree 是步长检验构建的 N次株树中的一株，未经过多棵树合并，所以树枝的长短可以精确代表遗传距离。Bootstrap consensus tree 上，节点处的数字表示，经步长检验有百分之几的树具有这根树枝，即反应了该树枝的可信度。
知乎“临也”答主:
1） 在构建系统树时，使用了Bootstrap法进行检验。在做Bootstrap时，以原序列为蓝本随机重组生成新的序列，重复估算模型。如果原序列计算得到的分枝在新Bootstrap中依然频繁出现，则该分枝的可信度高。分枝在Bootstrap中出现的频率就是表征分枝可信度的参数。
2） Original Tree是应用估算模型形成的最优系统树。在Original Tree上有计算得到的距离数据，可以表征两个基因的亲缘远近；MEGA形成的Original Tree上也有频率参数，实际来自Bootstrap Consensus Tree的对应分枝。
3） Bootstrap Consensus Tree 是很多次Bootstrap得到的平均结果，它不包含进化距离信息（在设置View时无法调用，也没有意义），分枝上的数字代表该分枝的频率参数。另外，它的拓扑结构也可能与Original Tree很不相同。
作者：临也
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