circos软件在展示基因组信息方面具有十分重要的作用。关于该软件的使用可以在网上找到很多教程，但关于如何准备运行circos所需要的文件则没有软件可以实现。因此，特意开发了For circos软件。首先是核型文件：
核型文件
输入文件可以从genome模块获取
核型文件输入文件的生成
其次是links文件，该文件的作用是展示基因组上的连线，功能实现如下 ：
links文件生成
位置1放入格式化的gff文件，位置2放入共线性的collinearity文件（该文件可以在Alignment/hmm模块生成）。位置3是保存与命名。然后点击按钮。
第三个是基因密度文件，如下：
基因密度
在位置①放入格式化的gff文件，位置②是规定多少bp统计一次，默认的是100000bp，如果还需其他长度的统计单位则直接输入就好。接下来就是保存与命名（位置③）。点击按钮即可执行功能。
第四，SNP位点标注。如下：
SNP位点统计
与基因密度统计类似，不过在位置1这里，放入的是经过格式化的SNP文件而不是 gff文件，之后设定统计单位（位置2），保存（位置3），点击按钮执行。
接下来是数量分布。
数量 分布
所谓数量分布，既可在染色体上展示热图同时也可以展示GC含量等指标。在位置1放入的是GFF文件，在位置2放入数量文件，其基本格式为基因名称加tab加对应数量。同学们可以在excel中进行统计，保存文件时将其保存为以制表符格式另存即可。位置3便是保存位置。
最后是文本展示
circos的文本展示
该功能主要是在circos图上标注相应的基因ID。位置1放入gff文件，位置2是基因ID（一个ID，一行），保存（位置3）执行即可。
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