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代谢组学常见的R包

代谢组学常见的R包

作者: 可能性之兽 | 来源:发表于2023-08-08 19:35 被阅读0次

MetaboAnalystR: 这是一款用于代谢组学数据分析的 R 包,它包含了数据处理、数据分析和结果解释的一系列功能,这些功能都基于 MetaboAnalyst 网页平台。

xcms: 这是一个用于处理液相色谱-质谱(LC/MS)和气相色谱-质谱(GC/MS)数据的包,主要用于代谢物的检测和定量。

ropls: 包括主成分分析(PCA)、偏最小二乘判别分析(PLS-DA)和正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)等多种多元统计方法,常用于代谢组学数据的特征选择和分类。

mzR: 提供了一种快速和容易的方式来读取质谱数据文件,如 mzXML, mzML, mzData 等。

MetaboQC: 用于质控和预处理液相色谱质谱代谢组学数据。

pcaMethods: 提供了多种主成分分析方法,并支持缺失值。

pathview: 这个包提供了通路基因表达的图形化,并且可以在 KEGG 图表上映射代谢物的丰度。

KEGGREST: 提供了从 KEGG 数据库获取数据的函数,可以用于获取代谢通路和基因信息,以及其他的生物信息。

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