基因组组装第一步就是判断基因组组装结果是否可以进行基因注释,

有三个指标：

1.N50

(将所有基因按长度由长道短排列，，从第一条长度开始累加，一直到第N条加完后其长度为全部基因组长度的百分之五十以上，那么这第N条序列叫做N50）也就是说N50序列是某一条序列的长度，，

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当N50最少达到基因组长度中位数以上则证明组装结果可以接着拿去 研究

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2.gap

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测序由于物种本身限制，，有些测不到，高重复高杂合（组装不出来）此处用N去填补

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此时用gap的个数去查看组装的结果

3.coverage

基因组的覆盖度：这个基因组本身多大，，我们装出来多大，通过流式细胞仪方式估计基因组大小，通过组装出来的值进行对比，达到90%-95%

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基因的覆盖度，基因被完整组装出来的覆盖度
如何评估基因的覆盖度---软件CEGMA（收集了普遍存在于真核生物中单拷贝的基因，，）
比到了，就说明我们找到了。

what is genome annatition

1.找到我们感兴趣的结构原件------结构注释
2.找到原件后发掘原件功能--------功能注释

how to annotation a genome

1、De novo（Ab initio）:从头预测：根据本身原件的功能特征去识别它
2、基于同源性的序列相似性：序列相似、功能相似