上次写过一篇批量下载基因组的文章，使用的方法是从NCBI一个网站上搜索，下载文件里提取ftp网址，然后再用wget批量下载的。（传送门：【生信】利用shell批量下载NCBI基因组）
这次我介绍另一种方法EDirect。本文将介绍其安装为主，使用方面因为本人还未怎么应用，不可过多介绍，但是提供几个我今天浏览过的网址，也方便自己以后查询学习。

EDirect的安装

参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/
EDirect的安装我是参考官网进行的，下载了install-edirect.sh后，运行：

source ./install-edirect.sh
sh setup.sh

顺利的话这么一下就能安装成功。但我并没有顺利，运行时根据报错信息，依次还安装了几个perl模块：JSON::PP、Xml::Simple、LWP::Protocol::https，然后我的EDirect就使用上了。由于我不知道我们服务器管理员权限的密码，这部分的模块是我师兄帮我装上的，感谢师兄！

• 这里搬运或提供几个我期间参考过的教程：
  1、Download all assemblies in a bioproject
  这是下载assembly sequences的命令

esearch -db bioproject -query 474907 \
  | elink -target assembly \
  | esummary \
  | grep "FtpPath_RefSeq" \
  | sed -r 's|.+>(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/.+/)(GCF_.+)<.+|\1\2/\2_genomic.fna.gz|' \
  > list_fna.txt

wget -i list_fna.txt

这是出现形如“ Can't locate JSON/PP.pm ...........巴拉巴拉......”的报错，需要装上JSON::PP的perl模块时的方法：

JSON::PP: sudo perl -MCPAN -e shell
install JSON::PP.
perl -e 'use JSON::PP' #测试是否已装好

2、youtube上NCBI官方给的安装EDirect教程

EDirect的使用

由于我还没怎么用，这里仅提供我浏览到的一些教程：
中文参考链接
官方的edirect documentation

最后的碎碎念

今儿是母亲节，折腾了大半天，总算装上+批量下再到我想下载的基因组了，感觉下载基因组完全是整个试验的第0步，却感到这么困难，有点沮丧，但这就是摸索的现状吧。超感谢师兄今天帮我的。今后也还要继续加油，争取以后的母亲节可以free of job.