连锁企业在组织的结构上应如何设计？采取何种组织结构？在设计组织时应考虑哪些原则？逸马连锁专家提醒，一般在进行连锁企业组织设计时，我们会发现以下几种常见的问题：
（1）与经营目的是否相符
一切经营上的政策、计划、管理以及组织形式，均应随着经营的目的而移转，因此形成一个组织体时，必须考虑到组织的目的，亦即必须确定事业的性质及基本的政策。
（2）当前的规模是否合适
由于连锁企业的特殊性， 连锁组织规模的大小与扩张的战略紧密相关，在工作的种类数量上以及员工的人数的要求也会有所不同，因此组织阶层的编排及各部门的职务也会随之而异。
（3）监督体系是否完善
监督体系乃是总部委派的系统，或执行工作时传达命令的路径，因此在设计连锁组织时，对于路径会顺序均应加以研究。
（4）总部与分店的责任权限是否清晰
由于是特许经营，对于各个门店所授予的责任和权限必须明确。
（5）绩效评估体系与激励机制是否完善
连锁企业大多是以特许加盟为拓展方式的组织，所以有关加盟商的绩效评估和激励，对于组织能否有效运营，关系十分重大，因此设计连锁企业组织时，必须考虑到绩效评估体系与激励机制的配置，还应该根据连锁组织的需要去构建训练与督导这两大职能部门。
（6）层级数过多
这是常见的一个问题，在大型组织中，情形更为严重。层级数目越多，决策所经的路径就越长，组织将无法适应变化，迅速灵活调整脚步，垂直方向的沟通品质也将场为低落，最底层的工作人员与高层几乎从无接触机会。这种组织形态也十分不符合经济效益，因为必须雇佣太多的中阶管理人员。
影响阶层数的因素有很多，例如控制幅度、过于细分工作的差异性、工作的性质与种类、组织沿革与习惯，甚至薪资制度也有影响。
（7）层级数过少
阶级数目过少。原因多半是急于避免前述问题的发生。虽然较为扁平的组织形态确实能增进决策效率，改善沟通状况，然而也不可避免地会有一些问题相伴产生。
首先，扁平式的组织即意指阶层数少，每位管理者所直接管辖的人数过多，以致于无法有效发挥协调功能。若是被管辖的人员分别有不同的机能或任务，这种情况将更为显著。
其次，每位管理者的工作范围将因有管辖的范围而差异甚大，引发一些传统上的困难，较低阶的专门人员的升迁机会较少，也很难发掘具有足够丰富经验的人来接替上级主管那么大范围的工作。
（8）从属关系不明确
组织里第一位成员的从属关系必须十分明确，否则他们将不可能产生很高的绩效。因为从属关系若是不明，当事者就不清楚自己给工作的目标是什么。在必须向一人以上报时，这种情形更加严重。有些工作必须向两个主管呈报，例如每个部门都有一位负责该部门教育训练、考绩、福利等事宜的专员，他必须定期向直线主管，也就是该部门主管回报工作情形。另一方面，他也必须和人力资源主管保持联系，接受其专业指导，知晓整体人力资源政策。加一种从属不明的困扰来自突然出现在权力核心的人物，虽然并未承担任何来自直线主管的压力，却拥有对其他人员极大的影响力。这种非来自直线的影响力一旦被运用，将会造成组织内部的压力。这类角色应该被定位在纯咨询的功能上，与一般机能部门主管有所区别。
（9）过分集权或分权
权力是否应集中还是下放，是个令人进退两难的问题。主要的影响因素有组织规模、复杂度，地理分散程度以及决策者的偏好。
集权主要可以达到下列好处：
对组织来说，较容易发展同步策略，注重组织的均衡成长。决策较迅速，而彼此冲突较少。较易进行整体统合及控制。达到规模经济的机率较多。
职权重复的情形出现可能性降低。几乎不会有独立行事，不需仰赖任何组织的小团体出现。强势而事权集中的核心，能提供技术及经验给其他部门。
主要的缺点则在于：
过多的协调活动与控制，不但影响部分上层决策者的权势，工作士气也连带受影响。当决策是由距离生产线甚远的阶层所制定量，就可以无法对现实有最正确的掌握及回应。决策权的集中，容易令各地区的管理者有不受重视的感觉。一旦组织成长到一定规模，或是含盖的地理区域扩张到某一程度之后，协调管控将变得十分困难。在人员的安排调度上，以及内部控制程序上，势必有所更动。地区性的管理者，难以获取担当更高级管理者所需的经验及技术。地区性的产品或服务较易掌握消费者需求的改变，并迅速采取因应策略及作法；总管理堵塞因事要集中，则较无法应变。集权组织易倾向僵化及官僚化，地区的管理者们倾向以自己的方式行事，形成半自治的小组织。集权所带来的方便自然就是分权不足之处。此外，过度分权最大的问题莫过于各部门，分公司或其他机构，只顾追求自身的目标，却将组织整体长远的目标弃而不顾。
（10）不当的控制幅度
控制幅度意指每位主管人员直接管辖的人数，和组织结构有密不可分的关系。虽然控制幅度增大会使组织结构阶层数减少，但如果这样就推断----举例来说-----有效的控制幅度至少应有五人以上，也就未免太过于简化了。
调查结果显示，管理者的控制幅度彼此相差颇大，和这些企业所采行的生产方式、技术基础有很大关系。不过，所谓的管理规则被遵循与否、和业绩好坏似乎并没有直接关系。控制幅度乃是由下面几个因素共同决定的：
组织性质；
组织复杂度；
管理人员之技巧；
作业范围及其同质程度或差异程度；
工作性质；
分支机构数量；
协调管控机制的运作情况；
组织文化及管理方式。
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