Denove测序是物种基因组研究的核心和基础，转录组测序是研究基因表达差异的重要策略，二者相互补充和验证可以使结果更加准确。
基因组de novo组装知识
基因组特征评估：
1、基因组大小估计
2、杂合率估计
3、重复率估计
4、基因组GC分布及污染估计
转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。
RNA-Seq (RNA-sequencing)也称为转录组测序，是最新发展起来的利用新一代测序技术进行转录组分析的技术，可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息，包括编码蛋白质的mRNA和各种非编码RNA，基因选择性剪接产生的不同转录本的表达丰度等。在分析转录本的结构和表达水平的同时，还发现未知转录本和稀有转录本，从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记等生命科学的重要问题。
联合分析策略
基因组注释过程中，可以结合转录组数据，对注释进行校正，并得到UTR及可变剪切信息，深入研究个体生物学，可以结合转录组数据，鉴定出对个体发育或生物表型差异起重要作用的基因集。
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